أوقفت وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية محمد الخمليشي خطيب مسجد الإمام علي بفاس عن مهمة الخطابة بالمسجد. وتوصل الخمليشي الخميس 13 يونيو 2013 بمراسلة من الكاتب العام للوزارة تخبره بقرار إعفائه من مهمة الخطابة ابتداء من 13 يونيو 2013، مبررة ذلك بإقحامه موضوع مهرجان "موازين" بالرباط ومهرجان "الموسيقى الروحية" بفاس في خطبة الجمعة. وقال الخمليشي في تصريح ل" التجديد" إن هذا وسام أعتز به أمام الله، وأنا مرتاح مع الله، وليس لي ما أندم عليه.. هي كلمة قلتها لله من باب حب البلد والغيرة عليه، لكن المؤسف هو أن يكون الانتصار لمغنية عارية استهزأت بالملايين من المغاربة في أخلاقهم بدل أن يكون الانتصار لحرمات الله. وأضاف الخمليشي بالقول: "لا عداء لي مع أحد، لكن المشكل أنهم لم يعرفوا من مع البلد ومن ضده، ومن له الغيرة ومن لا غيرة له". يذكر أن الخمليشي واحد من الأسماء الدعوية البارزة في العاصمة العلمية، وله حضور تأطيري في الأنشطة التربوية والعلمية، خاصة مع طلبة كلية الشريعة ورواد دور القرآن والمساجد. كما أنه يشتغل محافظا بخزانة كلية الشريعة.