أمر زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في تسجيل صوتي بثته قناة الجزيرة الفضائية بإلغاء "الدولة الإسلامية في العراق والشام"، مؤكدا أن جبهة النصرة هي فرع التنظيم في سوريا، ما قد يتسبب في مزيد من الانشقاقات في صفوف الفرعين. قال زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في تسجيل صوتي تم بثه اليوم الجمعة (8 نوفمبر 2013) على قناة الجزيرة القطرية: "تلغى دولة العراق والشام الإسلامية ويستمر العمل باسم دولة العراق الإسلامية"، مؤكدا أن "جبهة النصرة لأهل الشام فرع مستقل لجماعة قاعدة الجهاد يتبع القيادة العامة". وأوضح الظواهري أن "الولاية المكانية لدولة العراق هي العراق، الولاية لجبهة النصرة لأهل الشام هي سوريا". ويؤكد هذا التسجيل ما ورد في رسالة بثتها قناة الجزيرة في العاشر من يونيو وقالت إنها حصلت عليها من مصادر موثوقة في سوريا، تفيد أن الظواهري أبطل الاندماج الذي أعلن في أبريل الماضي بين تنظيم دولة العراق الإسلامية وجبهة النصرة التي تقاتل النظام السوري. وكان أبو بكر البغدادي زعيم الفرع العراقي للتنظيم، أعلن جمع "دولة العراق الإسلامية" وجبهة النصرة تحت راية "الدولة الإسلامية في العراق والشام". وقال في رسالة صوتية في أبريل إن جبهة النصرة "ما هي إلا امتداد لدولة العراق الإسلامية وجزء منها"، معلنا "إلغاء اسم دولة العراق الإسلامية وإلغاء اسم جبهة النصرة وجمعهما تحت اسم واحد هو الدولة الإسلامية في العراق والشام". وتسبب بيان زعيم القاعدة في العراق ببلبلة بين الجهاديين وبانقسامات بين المنضوين تحت لواء جبهة النصرة، التي تعد من أكثر المجموعات المناهضة للنظام السوري تأثيرا على الأرض، حسب عدد من المراقبين. وقال الظواهري في تسجيله الصوتي "أخطأ الشيخ أبو بكر البغدادي الحسيني بإعلان دولة العراق والشام الإسلامية دون أن يستأمرنا أو يستشيرنا أو حتى إخطارنا (...) وأخطأ الشيخ أبو محمد الجولاني بإعلانه رفض داعش وإظهار علاقته بالقاعدة دون أن يستأمرنا أو يستشيرنا أو حتى إخطارنا". وكانت واشنطن أدرجت جبهة النصرة على قائمة المنظمات الإرهابية بنهاية عام 2012.