يرى عدد من المحللين أن الجيش المصري يعول على حسن سير المرحلة الأولى من الانتخابات التشريعية في التصدي لمعارضيه مواطنة مصرية داخل قاعة التصويت (أ ف ب) لكن طول مدة العملية الانتخابية وقوة نفوذ الإسلاميين وتوقع أن تسفر هذه الانتخابات عن برلمان يحظى بشرعية شعبية قوية ستضعه أمام تحديات ثقيلة أخرى. فقد تعارضت صور الصفوف الطويلة من الناخبين، الذين وقفوا ينتظرون في هدوء في القاهرة أو في الإسكندرية لانتخاب نوابهم مع صور المواجهات الدامية، التي جرت بين المتظاهرين المطالبين برحيل الجيش وبين قوات الأمن في الأيام الأخيرة وألقت بظلال قاتمة على المشهد السياسي. وقال اللواء محمد العصار عضو المجلس الأعلى للقوات المسلحة، "يمكن للشعب والقوات المسلحة اعتبار الثامن والعشرين من نوفمبر (يوم بدء التصويت) يوم عيد للمصريين". وأبقى المجلس الأعلى للقوات المسلحة، الذي يحكم البلاد، منذ سقوط الرئيس السابق حسني مبارك، على المواعيد المقررة للانتخابات رغم المخاوف من أن تؤثر هذه المواجهات الدامية على حسن سير الاقتراع، مثيرا الاعتقاد بأنه يريد اللعب بورقة "الأغلبية الصامتة" في مواجهة المعارضة الثائرة في ميدان التحرير. وكانت بعض الشخصيات أشارت إلى صعوبة إجراء انتخابات سليمة وسط المناخ المضطرب. في المقابل أصر الإخوان المسلمون، الذين يرون أنهم في موقع قوة، على إجرائها في موعدها محذرين من أي تأجيل. ويقول توفيق اكليماندوس، خبير الشؤون المصرية في جامعة كوليج دو فرانس الفرنسية، "إنه نجاح شعبي ونجاح للجيش الذي لعب دائما بورقة الانتخابات لإعادة الاستقرار للبلاد في مواجهة الشارع". لكن الإقبال الكثيف للمصريين على صناديق الاقتراع كان، أيضا، رسالة بأن الشعب، بعد عشرة أشهر من سقوط مبارك، لن يسمح بأي حكم سلطوي آخر في الوقت الذي يتهم البعض الجيش بالرغبة في الاحتفاظ بالسلطة. ويقول عز الدين شكري، الأستاذ في الجامعة الأميركية في القاهرة، إن "الرسالة هي أن الشعب يريد تولي شؤونه وأنه لن يسمح بعد الآن بنظام سلطوي". وكان الجيش أثار قبل الانتخابات مخاوف من رغبة حقيقية في البقاء في السلطة مع مشروع يضمن بقاء ميزانيته بعيدة عن أي نقاش برلماني ويعطيه الكلمة الفصل في أي قانون يتعلق به. كما تعين انتظار عدة أيام من المواجهات في القاهرة وفي كثير غيرها من المدن، قبل أن يحدد المشير محمد حسين طنطاوي رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة يونيو 2012 موعدا لإجراء انتخابات رئاسية يتعين أن يقوم بعدها الجيش بنقل السلطة إلى المدنيين. ويقول كريم الأسير، الباحث في معهد الدراسات المستقل "سيغنت"، إن "برلمانا له شرعية شعبية قوية يمكن مستقبلا أن يطرح تحديا إضافيا لسلطة المجلس العسكري". كما أن طول مدة العملية الانتخابية، التي تجرى على ثلاث مراحل متتالية على مستوى الجمهورية حتى 11 يناير المقبل، بالنسبة لمجلس الشعب ثم حتى 11 مارس بالنسبة لمجلس الشورى، يمكن أن تنطوي على مخاطر. ويرى شكري أن "هذه المدة تنطوي على مخاطر أمنية خاصة في المناطق الريفية والنائية. قد أن تحدث أمور كثيرة وتظهر أزمات أخرى في الأسابيع المقبلة". كما أنه مع نهاية الانتخابات ستبدأ مرحلة أخرى وهي مرحلة صياغة الدستور الجديد الحاسم بالنسبة لمستقبل نفوذ المؤسسة العسكرية التي خرج من صفوفها كل رؤساء مصر، منذ الإطاحة بالحكم الملكي عام 1952. ومن التحديات الأخرى التي ستطرحها هذه المرحلة مسالة الإبقاء على الحكومة، التي عينها الجيش أو تشكيل حكومة يختارها البرلمان الجديد. وفي هذا الإطار يمكن، أيضا، أن يحمل تمثيل قوى محتمل لجماعة الإخوان المسلمين الجيش على التنازل في هذا الصدد، حيث أعلنت الجماعة مسبقا تفضيلها للنظام البرلماني. ويقول توفيق اكليماندوس، إن "معركة الدستور الكبرى ليست سوى في بدايتها".