تناط بأكاديمية محمد السادس الدولية للطيران المدني مهمة التكوين والبحث وتقديم الخدمات في ميادين الطيران المدني واستغلال المطارات والميادين المرتبطة بها. وينص المرسوم رقم2 .09 .196 الصادر في الجريدة الرسمية (عدد5941 ) بتاريخ9 ماي 2011 بشأن تنظيم هذه الأكاديمية, على أن مهمة هذه الأخيرة تشمل التكوين الأساسي والتكوين بواسطة البحث العلمي والتكنولوجي والتكوين المستمر أو أي شكل من أشكال التكوين يمكن اعتباره مفيدا للطالب حسب المحيط العام أو الظرفي. وتخضع الأكاديمية, وهي مؤسسة للتعليم العالي غير تابعة للجامعات, يتم تنظيمها طبقا لمقتضيات القانون رقم01 .00 المتعلقة بتنظيم التعليم العالي ولأحكام المرسوم سالف الذكر, لوصاية السلطة الحكومية المكلفة بالطيران المدني. ويوجد مقر الأكاديمية بالدار البيضاء, غير أنه يمكن إحداث ملحقات تابعة لها في مواقع أخرى بعد استطلاع رأي مجلس التنسيق ورأي اللجنة الوطنية لتنسيق التعليم العالي. وينص المرسوم على إمكانية تنظيم الأكاديمية أيضا لدورات تدريبية ودورات للتكوين المستمر وحلقات دراسية وندوات لفائدة مستخدمي الهيآت العمومية وشبه العمومية والخاصة وطنية وأجنبية, وللأشخاص الراغبين في الاندماج في الحياة العملية أو في الحصول على ترقية مهنية في الميادين سالفة الذكر. كما تقوم الأكاديمية بإعداد ووضع برامج البحث العلمي والتكنولوجي الخاصة بها أو في إطار دراسات الدكتوراه أو هما معا, وتشارك أيضا في برامج البحث الجهوية والوطنية العامة أو الخاصة والدولية قصد تنمية الأنشطة المتصلة بقطاع الطيران المدني واستغلال المطارات والميادين المرتبطة به. ويشير المرسوم إلى إمكانية قيام الأكاديمية بأشغال الدراسة والخبرة بطلب من الغير, عموميا كان أو خاصا. كما يمكنها القيام بكل الأشغال الأخرى المتعلقة بالبحث أو التكوين المستمر و الخبرة أو الدراسات بمقابل باستثناء مهمة التكوين الأساسي والبحث العلمي والتكنولوجي. وفي إطار المهام المسندة إليها, يمكن للأكاديمية أن تقدم بموجب اتفاقيات خدمات بمقابل, وأن تحدث محاضن لمقاولات الابتكار وأن تستغل البراءات والتراخيص وأن تسوق منتجات أنشطتها. وبخصوص تنظيم التكوين ونظام الدراسات وكيفيات التقييم, تتولى الأكاديمية تحضير وتسليم شهادات دبلوم مهندس الدولة, والإجازة في الدراسات الأساسية, والإجازة المهنية, والماستر, والماستر المتخصص, والدكتوراه. وينظم التكوين بها في أسلاك ومسالك ووحدات. ويمكن للأكاديمية وفق الشروط المنصوص عليها في نظامها الداخلي إحداث شهادات خاصة بها, ولاسيما في مجال التكوين المستمر بعد استطلاع رأي مجلس التنسيق وموافقة السلطة الحكومية المكلفة بالطيران المدني. وحسب المرسوم, يمكن أن تكون هذه الشهادات موضوع اعتماد من طرف السلطة الحكومية المكلفة بالطيران المدني بعد استطلاع رأي اللجنة الوطنية لتنسيق التعليم العالي. كما يمكن الاعتراف بمعادلة الشهادات المعتمدة للشهادات الوطنية. ومن ناحية أخرى, يمكن أن يقبل في الأكاديمية المترشحون الأجانب المقترحون من طرف حكوماتهم والمقبولون من لدن الحكومة المغربية طبقا لنفس الشروط المقررة بالنسبة للطلبة المغاربة. ويجب ألا يتعدى العدد الإجمالي للطلبة الأجانب10 في المئة من مجموع الطلبة المسجلين بالأكاديمية.