أثناء تفتيش منزل عمر بنجلون، قيل أن البوليس وجد وثائق تهم تصميم لشبكة الهاتف داخل القصر الملكي، اعتبرته الأجهزة الأمنية حينها صيدا ثمينا، ودليلا على مؤامرة تستهدف القصر. كان الجنرال أوفقير يحضر بنفسه جلسات تعذيبه في صيف 1963 بدار المقري، وحكم عليه بالإعدام يوم 14 مارس 1964، وقد استبدل حكم الإعدام يوم 20 غشت 1964 بالسجن المؤيد، وبتاريخ 14 أبريل 1965 سيتم إطلاق سراحه، ثم سيختطف في نفس السنة وبقي في السجن مدة عام ونصف، حيث أثناء محاكمته انتفض عمر بنجلون داخل قاعة المحكمة ونعت القضاة بالمخازنية ديال الدولة فما كان من القاضي إلا أن أضاف سنة حبسا كاملة في حقه. وسيتعرض للإعتقال مرة أخرى في مارس 1966 ويحكم عليه لمدة سنة بعد متابعته بتهمة توزيع منشورات. أفرج عنه يوم 21 شتنبر 1967، ثم عاد للمحكمة مجددا لكن هذه المرة كمحام للدفاع عن معتقلي الاتحاد في محاكمة مراكش. عمر بنجلون هو من حرر المذكرة التنظيمية للاتحاد الوطني للقوات الشعبية سنة 1965 مباشرة بعد خروجه من السجن، وأبدع فيها وظلت هي المرجع التنظيمي للحزب لعدة سنوات. وكان المنظر لتأسيس النقابة الوطنية للتعليم سنة 1966، انضم الى هيئة المحامين بداية السبعينات، في سنة 1972 تولى ادارة تحرير صحيفة «المحرر» التي كانت تنقل مايجري في المغرب وكان يحرر افتتاحيات الجريدة. وهو الذي حرر الوثائق التي ارتكزت عليها قرارات 30 يوليوز للاتحاد سنة 1972، ولعب دورا هاما في ذلك الإجتماع، كما حرر التقرير الإيديولوجي للمؤتمر الاستثنائي في يناير 1975 بعد خروجه من السجن، و لعب دورا رياديا في الإعداد للمؤتمر الاستثنائي، وهو الذي وضع الأسس لتأسيس الكونفدرالية الديمقراطية للشغل سنة 1978. توصل عمر بنجلون بطرد ملغوم في ليلة عيد الأضحى من يوم 13 يناير 1973، فارتاب في أمره بعدما لاحظ أنه لا يحمل اسم المرسل وحمله بين يديه بعناية كبيرة إلى درج حديقة البيت محاولا فتحه بمعرفة المهندس الخبير، وعندها اكتشف أن الطرد ملغوم ورمى به إلى الحديقة بعد أن أبطل مفعوله. كانت محاولة اغتياله من أجل إخراسه الى الأبد وقتل الفكر الذي يحمله. اعتقل عمر بن جلون ورفاقه يوم 9 مارس 1973، ومتابعته في قضية أحداث مولاي بوعزة، وأطلق سراحه يوم 3 غشت 1974، بعد تمتيعه بالسراح المؤقت، كما أنه كان من بين المبرئين في حكم 30 غشت 1973، منطرف المحكمة العسكرية، لكن النظام رفض هذا الحكم وتم اختطافه من داخل السجن مع رفاقه المعتقلين، واقتيد إلى أحد المعتقلات السرية، بتهم استقباله أسلحة من أجل تنفيذ الانقلاب المزعوم والسيطرة على الحكم واغتيال الملك، وتعرض لأشد أنواع التعذيب قهرا وتأثيرا على البدن والنفس بدرب مولاي الشريف والسجن المركزي بالقنيطرة. ولم يفرج عن رفاقه إلا بعد أن حكموا بالبراءة يوم 23 يوليوز 1976، لكن عمر لم يستفذ من البراءة الثانية لأنه تم اغتياله قبل ذلك التاريخ أي يوم 18 دجنبر 1975. كانت المخابرات المغربية مقررة اغتيال عمر بنجلون يوم 13 يناير 73 ولما فشلت المحاولة، أصبح النظام أنذاك يفكر في إعدامه بحكم قضائي، إثر أحداث مولاي بوعزة في مارس 73، لكن بعد صدور الحكم عليه يوم 30 غشت 73 بالبراءة لم يرتاح النظام لذلك الحكم، فتم التخطيط لاغتياله من طرف المخابرات بيد الإرهاب الفكري المتلبس بالدوغمائية العقائدية يوم 18 دجنبر 75.