أدى نظام تمويل الفلاحين إلى تراكم كمية كبيرة من الديون، فإلى غاية 30 سبتمبر 2009 بلغت هذه الأخيرة حسب البيان الختامي للمكتب 354.468.211,27 درهم، منها مبلغ 311.135.029,30 درهم موضع شك وفي أعقاب اجتماع الجنة المشتركة بين الوزارات لإعادة هيكلة المكتب عقد في 24 أكتوبر 2005 ، أوصت هذه الأخيرة بالتخلي عن تمويل الفلاحين غير أنه لوحظ أن المكتب لا يزال مستمرا في ذلك. فمن خلال فحص ملفات بعض الفلاحين تم تسجيل الملاحظات التالية من طرف المجلس الأعلى للحسابات: - عدم كفاية الضمانات اللازمة مقابل التسبيقات الممنوحة. ففي غالب الأحيان، كانت التسبيقات تمنح بدون ضمانات حقيقية، حيث يطالب المكتب مقابل تسبيقاته، فقط بكمبيالات و إقرار بدين موقعان من طرف المستفيد. إلا أن هذه الكمبيالات تصبح غير ذات جدوى في حال اختفاء المدينين. ولهذاالسبب تم حفظ العديد من ملفات الديون، من قبل النيابة العامة، التي بلغ مجموعها 13.808.205,66 درهما. فضلا عن منح تسبيقات مهمة للفلاحين رغم تعاقدهم لأول مرة مع المكتب. وقد لاحظ المجلس الأعلى للحسابات أن بعض الفلاحين استفادوا من تسبيقات مهمة في بداية شروعهم في ممارستهم لأنشطتهم مع المكتب. وقد أدى هذا في غالب الأحيان إلى تدهور خزينة المكتب وتراكم مستحقاته اتجاه الفلاحين بحيث أن مبلغ صادراتهم لم يغط التسبيقات التي استفادوا منها. هذا إليى جانب عدم كفاية ناتج الصادرات بالمقارنة مع التسبيقات الممنوحة، إذ يتوخى مبدئيا أن يحقق ناتج الصادرات، علاوة على المبالغ التي تم تسبيقها ، قيمة مضافة للفلاحين، إلا أنه لوحظ أن هذاالناتج لا يغطي حتى مبلغ التسيقات. كا أن هناك غياب تحليل قدرة الفلاحين على الوفاء بديونهم. فقد لوحظ بأن مبالغ مهمة منحت للفلاحين بالرغم من أنهم لا يزالون مدينين اتجاه المكتب خلال المواسم المنصرمة، كما أن منح هذه التسبيقات لا يخضع لأي معيار محدد و بالخصوص مدى قدرة الفلاحين على سداد ديونهم .مما أدى إلى تراكم مبلغ الديون المستحقة. وسجل التقرير أيضا منح تسبيقات دون أن تليها أية عملية تصدير. ففي بعض الحالات منح المكتب تسبيقات دون أن تكون متبوعة بعملية تصدير،مما ينتج عنه إثقال كاهل مديونية الفلاحين تجاه المكتب. فعلى سبيل المثال استفاد الفلاح )ا.ز( خلال موسم 2006 / 2005 من تسبيق قدره 1.000.000,00 درهما دون أن يصدر أي كمية عبر قنوات المكتب ، نفس الشيء بالنسبة للفلاح ع.س الذي استفاد من مبلغ 1.300.000,00 درهما خلال موسم 2004 / 2003.