لم تتمكن القمة العربية الإفريقية الملتئمة بغينيا الإستوائية من إنهاء أشغالها بشكل اعتيادي، ووفق ما كان مقررا لها سابقا، بسبب انسحاب المغرب وثماني دول عربية أخرى احتجاجا على إقحام الجمهورية الصحراوية الوهمية في الاجتماع. وكان المغرب والسعودية والإمارات والبحرين وقطر وسلطنة عمان والأردن واليمن والصومال قد انسحبوا من القمة بعد الإخلال السافر بالضوابط التي أسست عليها والتي تقضي بأن المشاركين فيها هي الدول الأعضاء بهيئة الأممالمتحدة، وهو ما تم خلال القمتين السابقتين بكل من سرت2010 ،والكويت في 2013. وهكذا اقتصر هذا الاجتماع على كلمات بعض الوفود والخروج ب»بيان ختامي» لحفظ ماء الوجه. وكانت وزارة الشؤون الخارجية والتعاون أوضحت في بلاغ لها أنه كان من بين الضوابط المشتركة «المنبثقة عن احترام الوحدة الترابية للبلدان، أن تقتصر المشاركة في الأنشطة التي تجمع الطرفين على الدول الأعضاء في هيئة الأممالمتحدة، غير أنه لوحظ إخلال بهذه الضوابط، إذ وضع علم ويافطة باسم كيان وهمي داخل قاعات الاجتماعات». وأضاف البلاغ أن «جل الدول ساندت هذا الموقف الواضح والمنسجم مع مبادئ القانون الدولي وعلى رأسها احترام سيادة الدول ووحدتها الترابية». وأثار حضور الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي وإلقائه كلمة الكثير من نقاط الاستفهام، حول الأسباب التي جعلت القاهرة تفضل المشاركة في الاجتماع عوض مقاطعته تضامنا مع الدول العربية. وفي هذا الإطار أكدت الرئاسة المصرية أن مصر لا تعترف بالجمهورية الصحراوية، ولكنها تحظى بوضعية دولة عضو بالاتحاد الإفريقي. وقال علاء يوسف المتحدث الرسمي باسم رئاسة الجمهورية المصرية، إن مشاركة الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي في القمة الإفريقية العربية، «جاءت لتعكس حرص مصر على تعزيز التعاون الإفريقي العربي المشترك من أجل تحقيق التنمية المستدامة ومواجهة مختلف التحديات التي تواجه الشعوب العربية والإفريقية في هذا الخصوص». وأشار المتحدث الرسمي باسم رئاسة الجمهورية المصرية، إلى أن السيسي تابع الاتصالات التي تمت قبل انعقاد القمة لمحاولة إيجاد مخرج للأزمة . وأضاف علاء يوسف، «من منطلق المسؤولية الخاصة التي تضطلع بها مصر كدولة عربية إفريقية، فقد حرصت على المشاركة في القمة، كونها دشنت الشراكة الإفريقية العربية الهامة من خلال استضافة القمة الأولى عام 1977». وأفرزت وسائل الإعلام المصرية المكتوبة والمسموعة والمرئية حيزا هاما لشرح أسباب مشاركة مصر في الجلسة الافتتاحية للقمة في محاولة لتبرير هذا الخيار، حيث أجمعت على أن مصر « مستقلة في قرارها» وتتحرك على الساحة الخارجية «وفق ما يخدم مصالحها» خصوصا أنها في أولى خطواتها للعودة إلى « عمقها الإفريقي» بعد سنوات من القطيعة خلال عهد مبارك. من جانبه أعرب الأمين العام لجامعة الدول العربية ، أحمد أبو الغيط، عن تفهمه وتأييده للموقف الذي عبرت عنه الدول التي لم تشارك في أشغال القمة العربية الإفريقية بمالابو ، والمتمثل في التمسك بالضوابط التي سبق العمل بها في القمتين السابقتين اللتين عقدتا في سرت في عام 2010 وفي الكويت في عام 2013» . وقال المتحدث الرسمي باسم الجامعة ، محمود عفيفي ، في بيان الأربعاء، إن أبو الغيط ،أكد في كلمته في افتتاح أشغال القمة العربية-الإفريقية،أن عدم القدرة على تسوية الإشكال الذي أعاق العملية التحضيرية لهذا الحدث ، «أدى، وبمزيد من الأسف، إلى عدم مشاركة مجموعة هامة من الدول أعضاء جامعة الدول العربية في أعمال القمة».