رغم الجهود المبذولة من كل القطاعات المعنية فإن الوضعية البيئة في الجهة تتميز بعدة مشاكل حقيقية. فالمنطقة الساحلية والمناطق الرطبة تتعرض لعدة ضغوط تهدد. الانظمة الايكولوجية الاحيائية الطبيعية وابرز هذه الضغوط مقدوفات المياه العادمة المنزلية والصناعية غير المعالجة. وتسرب المياه المالحة على مستوى اخنفري وبحيرة خنيفيس با لاضافة الىا لاستغلال المفرط للثروة السمكية. كما ان الجفاف والتصحر معطيات لا يمكن فصلها عن الواقعا لمناخي للجهة، ويهم المناطق الرعوية من خلال تدهور الغطاء النباتي وتدهور التربة وشرب المياه المالحة الى المياه الجوفية. كما ان الكتبان الرملية تشكل احداهم مصادر التصحر في المنطقة وهو ما يشكل تهديدا دائما للمنشآت العمومية. وتتميز الجهةب هشاشة انظمتها الاحيائية الغابوية وضعف غطاءها النباتي بسبب حرارة المناخ كما ان الرعيا لمفرط وتوالت سنوات الجفاف يؤدي الى تدهور متزايد للمراعي والتربة. كما ان استغلال مناجم الفوسفاط المفتوحة يؤثر سلبا علي الانظمة الاحيائية ويضرب بالتربة ويقلص من مساحات الانتاج الفلاحي. كما ان الموارد المائية بالجهة تشهد تدهورا نوعيا وكميا تزيد من حدثه الظروف المناخية وتوالي سنوات الجفاف. يعتبر الموارد المائية الجوفية ذات جودة متوطة الى ضعيفة حسبا لاحواض بسبب الملوحة المرتفعة. وتعرف النمطقة ضعفا ملحوظا في مجال تدبير النفايات المنزلية والصناعية يشهد علي ذلك عدد المطارح العشوائية في المدن والمراكز الحضرية بالجهة وانعكاسات ذلك علي البيئة و صحة السكان وتشهد المنطقة نقصا في التطهير السائل في الوسط الحضري وغياب شسبه تام لشبكة التطهير في عدة جماعات قروية. كما ان مقدوفات المياه العادمة المنزلية غير المعالجة وغير المراقبة تلقى في الطبيعة مثل مقدوفات مدنية العيون التي تلقى في وادي الساقية الحمراء مما يهدد تلوث الفرشة المائية لفم الواد. كما ان النفايات الصناعية تلقى دون معالجة في البحر. وتشكل الصناعات الكيماوية المرتبطة بالفوسفاط اهم هذه النفايا كما ان شبكة التطهير بالمنطقة الصناعية تعيش مشاكل صيانة واضحة. ومن أهم المشاكل الضاغطة على التنمية الحضرية بالمدن والمراكز بالجهة هناك زمن كتبان الرمال (العيون، طرفاية) وتدهور الاطار العمراني القديم (بوجدور) والبانء المشارع وغير المتحكم فيه. وبخصوص قطاع السكن الذي يتميز بكثابة كبيرة للسكن الموروث عن الحقبة الاسبانية ونقص التجهيزات الاساسية. و تحول العديد من الاحياء الى احيائء عشوائية وغير صالحة للسكن وكذا ظهور مدن صفيحية بسبب العجز في السكن. و لتدارك هذه العجز ومواجهة المشاكل القائمة تم وضع برامج مدروسة لانجاز مدن بدون صفيح العيون، بوجدور) ويشكل الفرق الشاسع بين التطهير والتزود بالماء الصالح للشرب في التجمعات السكنية ومقدوفات المياه العادمة غير المعالجة والتدبير غير الصحي للنفايات الصلة والسكن غير اللائق اهم العوامل التي تشكل تهديدا على الصحة وتساهم في ظهور عدة أمراض مزمنة.