أضحت الخلافات السياسية الداخلية قبل قوسين أو أدنى من الإتيان على ما تبقى على هياكل تنظيم الاخوان، حيث تقود جبهة الإخوان في تركيا، المحسوبة على الأمين العام السابق للجماعة محمود حسين، مخططا للإطاحة بالقائم بأعمال المرشد بإبراهيم منير، واشتعال الخلافات إذ يعتبر كل منهما بأنه يمثل الجماعة وقواعدها التنظيمية. انتفاض الجبهة الموالية لمحمود حسين، يعزى الى كونها تعتبر نفسها بأنها الأحق بإدارة التنظيم سواء المحلي أو الدولي، والاحتفاظ بمنصب القائم بأعمال المرشد بدلا من منير، كما تعتبر الجبهة أنها الامتداد الطبيعي لمكتب الإرشاد بالقاهرة قبل سقوط حكم الإخوان في يونيو 2013. وأسهمت القرارات التي اتخذها إبراهيم منير منذ وصوله إلى قمة المشهد التنظيمي، في تحجيم مجموعة محمود حسين والقضاء على طموحاتهم القيادية والتنفيذية، وتهميش دورهم بشكل كامل. كما استثمر إبراهيم منير في مساعيه لقص أجنحة مجموعة محمود حسين، في رفض القواعد الشبابية لتلك المجموعة وسياستها التي طبقتها على أرض الواقع من داخل اسطنبول، وحصولهم على مكتسبات مالية وإدارية خاصة. كما يحمل قرار مجموعة محمود حسين بسحب الثقة من إبراهيم منير، ومحاولة طرح شخصية بديلة تقود الهيكل التنظيمي، الكثير من المخالفات الإدارية لاسيما أنهم دعوا مجلس شورى التنظيم للاجتماع في مخالفة للائحة الداخلية التي تقصر الدعوة على المرشد أو نائبه. واهتز التنظيم الإرهابي على وقع حالة من التصدعات والانشقاقات منذ إعلان القائم بأعمال المرشد العام، إبراهيم منير، رسميا قرار حل المكتب الإداري لشؤون التنظيم بتركيا بقيادة الأمين العام السابق محمود حسين، وكذلك تأجيل الانتخابات الداخلية التي كان من المزمع إجراؤها خلال أسابيع لاختيار أعضاء مجلس الشورى العام، لمدة 6 أشهر. وتأتي خطوة سحب الثقة من إبراهيم منير، بعد ساعات من إعلانه في بيان داخلي عن بطلان جميع قرارات "حسين ومجموعته الموقوفة" بحقه، مؤكدا أن "كل الذين ساهموا في تلك الإجراءات أخرجوا أنفسهم من الجماعة". كما أن إصرار المرشد العام، إبراهيم منير، على التحرك بشكل منفرد، بإصداره قرارا داخليا بوقف 6 من قيادات الجماعة وجميعهم من أعضاء "الشورى" بتهمة الدعوة لاجتماع كان يهدف لحلحلة الأزمة، وسقوط التنظيمات الموالية للاخوان في دول عربية هو الذي أجج هذا الصراع الداخلي.