أشارت الحكومة التونسية في بيان نشر على صفحتها الرسمية على فايسبوك أنها " ملتزمة بتتبع الجناة الضالعين في عملية اغتيال المرحوم محمد الزواري داخل أرض الوطن و خارجه بكل الوسائل القانونية وطبقا للمواثيق الدولية". ولم تذكر الحكومة أي طرف أجنبي بالاسم، في حين تشير قراءات محلية في تونس وأخرى في فلسطين، إلى أن جهاز الموساد الاسرائيلي هو من نفذ الاغتيال. وقال البيان إن الحكومة "تتابع تقدم التحقيقات والأبحاث الخاصة بجريمة اغتيال المواطن التونسي المرحوم محمد الزواري والتي توصلت آخر الأبحاث إلى إثبات تورط عناصر أجنبية فيها". وأكدت "التزام الدولة التونسية بحماية كل مواطنيها وأنها سوف تتبع الجناة الضالعين في عملية الاغتيال هذه داخل أرض الوطن و خارجه". ومن المرتقب أن تعقد وزارة الداخلية التونسية، مؤتمرا صحافيا ل"اطلاع الرأي العام على كل مجريات الواقعة" على أن يتم ذلك مستقبلا بحسب بيان الحكومة التونسية "حفاظا على سرية التحقيق و ضمان نجاعة أوفر للأبحاث الجارية". واتهمت حركة حماس الفلسطينية إسرائيل يوم السبت باغتيال مواطن تونسي في تونس قبل أيام وصفته بأنه أحد خبرائها في شؤون الطيران وهددت بالرد. وقالت كتائب الشهيد عز الدين القسام الجناح العسكري لحماس إن محمد الزواري الذي اغتيل رميا بالرصاص قرب مدينة صفاقس يوم الخميس "التحق قبل 10 سنوات في صفوف المقاومة الفلسطينية .. وكان أحد القادة الذين أشرفوا على طائرات الأبابيل القسامية." وقالت الكتائب في بيان نشر على موقع حماس على الإنترنت إن "يد الغدر الصهيونية الجبانة اغتالت القائد القسامي .. الشهيد المهندس القائد محمد الزواري في مدينة صفاقس يوم الخميس في مدينة صفاقس." وأضاف البيان "على العدو أن يعلم بأن دماء القائد الزواري لن تذهب هدرا ولن تضيع سدى." وقالت وزارة الداخلية التونسية إن الزواري قتل في سيارته بعدة طلقات أمام منزله في منطقة العين بالقرب من صفاقس يوم الخميس. وأضافت الوزارة أن أربع سيارات استخدمت في الحادث وأنه تمت مصادرة مسدسين وكاتمي صوت. وأظهرت لقطات تلفزيونية أذاعتها وسائل إعلام محلية سيارة سوداء من طراز فولكسفاجن وقد تعرضت لإطلاق نار. وقال مراد تركي المتحدث باسم القضاء لإذاعة شمس اف ام الخاصة، إن ثمانية تونسيين اعتقلوا على صلة بعملية الاغتيال. وأوضح أن أحد المشتبه بهم صحافي تونسي مقيم في المجر اعتقل بصحبة مصور.