استدعت قطر سفيرها لدى مصر للتشاور بعد خلافات بشأن الضربات الجوية المصرية في ليبيا. جاء الخلاف الدبلوماسي بعد ثلاثة أشهر فقط من بدء ذوبان الجليد في العلاقات بين البلدين. وقصفت الطائرات المصرية مواقع لتنظيم الدولة الإسلامية في ليبيا يوم الاثنين بعد يوم من نشر الجماعة المتشددة لتسجيل مصور لذبح 21 مصريا مسيحيا. وعبرت قطر عن تحفظها على الهجوم في اجتماع لجامعة الدول العربية مما أثار غضب القاهرة. وقال السفير سعد بن علي المهندي مدير إدارة الشؤون العربية في وزارة الخارجية القطرية إن الدوحة عبرت عن تحفظها في اجتماع جامعة الدول العربية بالقاهرة على قرار مصر القيام "بعمل عسكري منفرد" في ليبيا دون التشاور مع الدول العربية "لما قد يؤدي هذا العمل من أضرار تصيب المدنيين العزل". وعلى الرغم من تحفظات قطر قالت جامعة الدولة العربية في بيان يوم الأربعاء إن الدول الأعضاء فيها "يتفهمون" الغارات الجوية التي شنتها مصر وألقت الجامعة بثقلها خلف دعوة مصر لرفع حظر السلاح المفروض على الجيش الليبي. وعبرت قطر أيضا عن تحفظها على هذه المسألة. وقال المهندي إن قطر عبرت عن تحفظاتها إزاء طلب رفع حظر الأسلحة المفروض على ليبيا "من مبدأ عدم تقوية طرف على حساب طرف آخر قبل نهاية الحوار وتشكيل حكومة وحدة وطنية يكون لها الحق بطلب رفع الحظر بالنيابة عن الشعب الليبي." كانت وسائل الإعلام المصرية نقلت عن السفير طارق عادل مندوب مصر الدائم لدى الجامعة العربية انتقاده لقطر لتحفظها على الضربات الجوية المصرية في ليبيا واتهامه الدوحة بدعم الإرهاب والخروج على التوافق العربي. ونقلت وكالة أنباء الشرق الأوسط المصرية عن عادل قوله إن التحفظ القطري على الضربات الجوية المصرية في ليبيا "يؤكد مرة أخرى خروج قطر عن الإجماع العربي… بات واضحا أن قطر كشفت عن موقفها الداعم للإرهاب." لكن مجلس التعاون الخليجي المدعوم من الغرب وقف إلى جانب قطر مما يشير إلى أن المجلس لا يريد إحياء أزمة كانت دفعت السعودية والإمارات والبحرين لسحب سفرائها من الدوحة العام الماضي لدعمها للإسلاميين. وقال الأمين العام لمجلس التعاون الخليجي عبد اللطيف بن راشد الزياني في بيان إن هذه "اتهامات باطلة تجافي الحقيقة وتتجاهل الجهود المخلصة التي تبذلها دولة قطر مع شقيقاتها دول مجلس التعاون والدول العربية لمكافحة الإرهاب والتطرف على جميع المستويات." لكن الزياني قال في بيان لاحق ان مجلس التعاون الخليجي يواصل دعم الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي بعد الضربات الجوية في ليبيا. واضاف قائلا "دول المجلس أكدت وقوفها التام مع مصر وشعبها الشقيق في محاربة الارهاب وحماية مواطنيها في الداخل والخارج.. وتؤيد كل ما تتخذه من اجراءات عسكرية ضد الجماعات الارهابية في ليبيا بعد العمل البربري الذي قام به تنظيم داعش الارهابي بذبح 21 مصريا في الاراضي الليبية مؤكدا ان ذلك حق اصيل من حقوق الدول في الحفاظ على امنها واستقلالها وسلامة مواطنيها." وتتهم مصر قطر بدعم جماعة الاخوان المسلمين التي ينتمي لها الرئيس المعزول محمد مرسي الذي عزله الجيش إثر احتجاجات شعبية على حكمه في 2013. ودعت السعودية مصر في نوفمبر إلى دعم اتفاق بين دول الخليج لإنهاء خلاف استمر ثمانية أشهر بسبب دعم قطر لجماعة الاخوان المسلمين التي وضعتها بعض الدول العربية على قائمة المنظمات الإرهابية. ويحرص السيسي على طمأنة جيران قطر من دول الخليج الغنية التي تدعم حكومته بشكل رئيسي ماليا وسياسيا وربما يسعى لنزع فتيل التوترات بعدما عبر مجلس التعاون الخليجي عن تضامنه مع قطر. وقال وزير الخارجية القطري خالد العطية في مقابلة نشرتها صحيفة الحياة يوم الخميس إن الدوحة لا تدعم الاخوان المسلمين وأكد طي صفحة الخلافات بين دول الخليج. وأضاف العطية "الاختلافات في وجهات النظر وليست خلافات وهو شيء صحي وطبيعي" بين دول الخليج.