تحويل آيا صوفيا إلى مسجد للمرة الثانية أثار لدى البعض قضية التعصب الديني في العالم الإسلامي. هناك اعتقاد أن المسلمين في عهد العثمانيين كانوا غير متسامحين. والحق أن هذا لم يكن صحيحا اللهم بعض التعصب التركي تجاه الجنس العربي بسبب النزعة الطورانية. أما العلاقة مع النصارى واليهود فكانت متميزة. يروي شكيب أرسلان في كتابه "تاريخ الدولة العثمانية" أن محمد الفاتح لما استولى على القسطنطينية هرب الكثير من الروميين النصارى خوفا على حياتهم، فأصدر السلطان قرارا يؤمن الجميع ممن يريد العودة، وترك لهم كنائسهم. وكان بطريرك الروم قد قتل في المعمعة، فعين السلطان بطريركا آخر وسلمه العصا "وصار البطريرك منذ ذلك اليوم رئيسا للأمة الرومية، وكان له في الدولة العثمانية رتبة وزير، وكانت عنده محكمة، ومجلس روحاني". وكان اعضاء هذا المجلس يتمتعون بامتيازات ولا يدفعون الخراج. "وبالاختصار لم يتعرض الأتراك إلى الأروام في دينهم ولا في أملاكهم، إلا كنيسة آيا صوفيا فقد جعلها السلطان جامعا". ولكن السلطان اشترى الكنيسة من النصارى من ماله الخاص، ولم يسط عليها سطوا كما كان يفعل النصارى عندما يستولون على أراضي المسلمين كما في إسبانيا.