هاجم الشيخ يوسف القرضاوي، رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، بشدة شيخ الأزهر الشريف الدكتور أحمد الطيب، بعد مواقفه الأخيرة المساندة للنظام الحاكم الجديد، ولدعمه مبادرات الفريق عبد الفتاح السيسي قائد الجيش المصري الذي أطاح بحكومة "الإخوان" في مصر. وخاطب القرضاوي الطيب، في مقال له نُشر على موقع اتحاد علماء المسلمين، بالقول "كان ينبغي ألا تلوث عمامة الأزهر، ولحية شيخه، بمساندة هؤلاء الذين أثبتت الأيام القليلة الماضية فساد طوياتهم، وسوء مكرهم، وظمأهم نحو السلطة، وسعيهم إلى سدة الحكم عبر دماء الشهداء، وأشلاء الأحرار". وذكر القرضاوي شيخَ الأزهر بما يقوله الدين فيمن أعان على قتل مسلم ولو بشطر كلمة، لا بموقف واضح مساند للظلم، أو مؤيد للباطل ببيانات عدة جُعلت غطاء لأعمال لا يرضى الله تعالى عنها، ولا رسله المصطفون، ولا ملائكته المقربون، ولا عباده المؤمنون". ونبه عالم الدين، الذي يقيم في دولة قطر، زميله الذي يرأس مشيخة الأزهر بأن الشرع الإسلامي الذي يريده أهل مصر مرجعا لهم في دولة مدنية، لا دولة دينية ثيوقراطية، يوجب على كل من آمن به ورجع إليه؛ طاعة الرئيس المنتخب شرعا في كل ما يأمر به، بشرطين: ألا يأمر الشعب بمعصية ظاهرة لله، بينة للمسلمين، وألا يظهر منه كفر بيِّن لا خلاف فيه، والرئيس مرسي لم يأمر بمعصية، ولا ظهر منه كفر بواح" يقول القرضاوي. وحذر رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين شيخ الأزهر بشدة من مغبة أفعاله ومواقفه بقوله "والله إن دماء الشهداء في رقبتك، وإن أرواحهم تتعلق بك يوم القيامة، وتحاجك أمام الله. إن دماء الشهداء، وبكاء اليتامى، وأنين الثكالى ستطاردك في صباحك ومسائك، وفي يقظتك ونومك، وفي دنياك وآخرتك!. وتابع القرضاوي مخاطبا الطيب "إن توبتك مما صنعت في حق الدين والوطن، وفي حق الحاضر والمستقبل، لن تقبل بالانسحاب والصمت.. لن تقبل توبتك إلا أن تعلنها صريحة: أنك أخطأت في حق الشعب، وأن تقول للظالم: يا ظالم. وللقاتل: يا قاتل. وأن تشد من عضد المظلومين، وأن تقوي ظهورهم، وأن تقف إلى جوار الحق مرة، بعد أن انغمست في الباطل مرات".