أحدثت قرارات الحكومة التركية، التي اتخذتها في إطار حالة الطوارئ المعلنة بعموم البلاد، تغييرات في بنية هيئة الأركان والقوات المسلحة، طالت مختلف مؤسساتها الأكاديمية والطبية والتدريبية، وذلك إثر محاولة الانقلاب الفاشلة المسجلة منتصف شهر يوليوز المنصرم. ونشرت الجريدة الرسمية التركية قرارًا، في شاكلة مرسوم، يقضي بأن يتشكل أعضاء "مجلس الشورى العسكري الأعلى" من رئيس الوزراء ونوابه، الذين يتغير عددهم بحسب التشكيلة الحكومية، ووزراء العدل والخارجية والداخلية والدفاع، ورئيس هيئة الأركان العامة وقادة القوات العسكرية. وكان المجلس يتكون، قبل التعديل، من رئيسي الوزراء وهيئة الأركان العامة، ووزير الدفاع، وقادة قوات الجي، والقائد العام لقوات الدرك، وقائد الأسطول، وجنرالات وأميرالات في القوات المسلحة. وبموجب القرار نفسه فقد تمّ إلحاق قيادات القوات البرّية والبحريّة والجوّية بوزارة الدفاع، بعد أن كانت تتبع لرئاسة هيئة الأركان، كما تضمن القرار "تخويل رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء، إذا لزم الأمر، الحصول على معلومات تتعلق مباشرة بقيادة القوات المسلحة، ومدى ولائها"، والتأكيد على "صلاحية الرئيس ورئيس الوزراء في توجيه أوامر مباشرة لقادة القوات"، وأيضا "ضرورة تنفيذ القادة للأوامر مباشرة، دون الحصول على موافقة من أي سلطة أخرى". وبناء على ما نُشر في الجريدة الرسمية فقد تمّ إلحاق القيادة العامة لقوات الدرك وقيادة خفر السواحل بوزارة الداخلية.. ويقضي المرسوم بتأسيس جامعة جديدة باسم "الدفاع الوطني"، تتبع لوزارة الدفاع، وتتشكل الجامعة من معاهد تهدف لتقديم خدمات التعليم العالي، وتخريج ضباط الأركان، إضافة إلى أكاديميات حربية وبحرية ومدارس إعداد ضباط صف. كما ينص المرسوم الجديد على "اختيار رئيس الجامعة من قبل رئيس الجمهورية من بين 3 مرشحين يقترحهم وزير الدفاع، ويوافق عليهم رئيس الوزراء"، فضلًا عن "تعيين 4 مساعدين له كحد أقصى، يختارهم وزير الدفاع". وقضى القرار الجديد بنقل تبعية أكاديمية "غولهانه" الطبية العسكرية، والمستشفيات العسكرية الأخرى وعقارات مخصصة لها، إلى وزارة الصحة، وبموجبه جرى "نقل المستشفيات التعليمية التابعة لأكاديمية غولهانه، ومراكز العناية التأهيلية للقوات المسلحة، والمستشفيات والمستوصفات العسكرية، والوحدات الصحية المشابهة، والمؤسسات الصحية التابعة للقيادة العامة للدرك إلى وزارة الصحة". ويشمل الانتقال "كافة الحقوق والواجبات المترتبة على جميع المؤسسات المذكورة، وما لها وما عليها من ديون، وعقودها والتزاماتها، ومنقولاتها وعقاراتها".. كما تنتقل وحدات التعليم العالي التابعة للأكاديمية المذكورة، مع ما لها من حقوق وديون، وما عليها من التزامات وديون، وعقود وتعهدات وأموال، إلى "جامعة الوحدات الصحية" التابعة لوزارة الصحة، فضلا عن تخصيص العقارات التابعة لها إلى الجامعة أيضا. وفيما يخص الاكاديميات الحربية والثانويات العسكرية فقد نصّ القرار على إغلاق الأكاديميات الحربية والثانويات العسكرية ومدارس إعداد ضباط الصف في البلاد، بينما سيتم نقل الطلاب الذين يدرسون في المدارس الحربية، والكليات والمعاهد العليا، إلى جانب معاهد مهنية عليا لإعداد صف الضباط، إلى كليات ومعاهد مناسبة، بعد الأخذ بعين الاعتبار النقاط التي حصلوا عليها في امتحان دخول الجامعات.. كما أكّد المرسوم الصادر ضمن إطار حالة الطوارئ فصل 3 آلاف و73 عسكريا، بينهم 158 جنرالا وأميرالا، من صفوف الجيش التركي.