كشفت الميزانية السنوية للمجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي أن الغلاف المالي المخصص للنفقات بلغ ما مجموعه 13.7 مليارات سنتيم، منها 9.8 لتغطية النفقات المتعلقة بأنشطة المجلس وتسييره، و3.9 لاستكمال بناء مقره وتجهيزه. وبعدما صادقت الحكومة على مشروع مرسوم يقضي بتحديد مقادير وكيفيات تخويل تعويضات مالية عن المهام المنجزة، والتعويض عن التنقل، لفائدة أعضاء المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي، حددت ميزانية المجلس لسنة 2016 ما مجموعه 250 مليون سنتيم لضمان سير أشغال الجمعية العامة. ورصدت ميزانية المجلس، التي تمت المصادقة عليها في الدورة التاسعة للمؤسسة، الملايين من السنتيمات كتعويضات للأعضاء، نظير حضور أشغاله، والاشتغال وإنجاز تقارير، منها 150 مليون سنتيم كتعويضات لأعضاء المكتب، وتغطية مصاريف النقل والإيواء والتغذية الخاصة بهم. تكاليف التعويضات وصلت ما مجموعه مليار و600 مليون سنتيم، بينما خصصت ميزانية 2016 للجان المجلس الدائمة ما مجموعه مليار و200 سنتيم كتعويضات نظامية للأعضاء، ومعها مصاريف النقل والإيواء والتغذية، ومصاريف الطباعة وجلسات الاستماع. وكلفت الندوات التي نظمها المجلس، والتي أجملتها ميزانيته في أربع خانات، 420 مليون سنتيم، في الوقت الذي ستكلف نفقات التواصل والتوثيق والنشر والتعاون المجلس ما مجموعه 870 مليون سنتيم خلال السنة المالية المقبلة. ووفق ما ينص عليه مرسوم تعويضات المجلس، فإن الدولة ستمنح تعويضا جزافيا خاما، خاصا بإنجاز التقارير التي يعدها أحد أعضاء المجلس، بطلب من مكتبه، حدد بين 14 ألفا و285 درهما كحد أدنى، و57 ألفا و142 درهما كحد أقصى، حسب نوع العمل المنجز. يتقاضى أعضاء المجلس، حسب المرسوم الذي وقعه رئيس الحكومة، تعويضا جزافيا خاما خاصا يحدد مقدراه في 7142 درهما شهريا، مستحقة عن الاجتماعات التي يحضرونها، في الوقت الذي سيستفيد رؤساء اللجان الدائمة، واللجان المؤقتة، ومجموعات العمل الخاصة، من مبلغ 3571 درهما عن كل يوم عمل. وحدد المرسوم التعويض الجزافي الخام الممنوح لفائدة أعضاء اللجان المؤقتة، ومجموعات العمل الخاصة، في 2142 درهما عن كل يوم عمل، مؤكدا أن الاستفادة من التعويضات تكون في حدود مرتين كل شهر كحد أقصى، مهما كان عدد اجتماعات اللجان الدائمة، واللجان المؤقتة ومجموعات العمل. وفي الوقت الذي يستفيد أعضاء المجلس أثناء سفرهم في مأمورية خارج الوطن من تعويض يومي قدره 2500 درهم، و1000 درهم داخل المغرب، ستتحمل ميزانية المجلس مصاريف الإقامة بالنسبة للأعضاء الذين تبعد إقامتهم الرئيسة عن الرباط بأكثر من 50 كيلومترا، بمناسبة حضورهم أشغال المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي.