Un grand nombre d'hommes pensent que le pénis est la cause principale de l'éjaculation précoce. Ce qui est faux. L'éjaculation prématurée est un dysfonctionnement généralement lié aux facteurs émotionnels et psychologiques. Autrement dit, le problème est dans le cerveau car c'est lui qui reçoit et gère les informations sensitives au cours de la phase d'excitation physique et mentale. Un homme naturellement émotionnel est plus prédisposé à devenir un éjaculateur précoce par manque de contrôle de ses émotions lors des rapports sexuels. Il faut aussi souligner que les mauvaises habitudes de masturbation pendant la puberté peuvent être à l'origine de l'éjaculation précoce. Dans la masturbation, il n'y a pas d'excitation extérieure car il n'y a pas de partenaire, l'esprit crée un fantasme pour stimuler l'excitation et obtenir une érection assez puissante pour pouvoir se masturber. La plus grande cause de l'éjaculation précoce de type primaire vient de cette auto-excitation qui est mal gérée depuis l'enfance, c'est à dire que la personne se surexcite mentalement pour éjaculer dès que possible. Parmi les autres facteurs, il faut aussi relever le manque d'expérience sexuelle, le stress ou la peur de ne pas satisfaire sa partenaire.Le manque d'entente dans un couple peut conduire l'homme à exprimer son agressivité envers sa partenaire en éjaculant prématurément. Par ailleurs, certaines cellules de notre cerveau notamment la sérotonine, interagissent pour assurer certaines fonctions (envies, humeurs, émotions). Si le niveau de sérotonine baisse dans notre cerveau, plusieurs fonctions perdent leur équilibre et le processus de l'éjaculation peut en être troublé.