قدم وضاح خنفر مدير عام شبكة الجزيرة استقالته من منصبه، صباح اليوم الثلاثاء 20سبتمبر 2011، وذلك بعد 8 سنوات من العمل بها. وقال خنفر على صفحته الشخصية على موقع "تويتر" "بعد 8 سنوات من العمل الرائد في شبكة الجزيرة، أعلن الآن تركي للجزيرة". وختم وضاح خنفر قائلا إن "الجزيرة قوية بمنهجها وثابتة بانتماء أبنائها لا تتغير بتغير موظف ولا مدير، ومصلحة المؤسسات كمصالح الدول تحتاج إلى تداول وتعاقب، فتحا لرؤى جديدة، واستجلابا لأفكار مبدعة". وكتب وضاح خنفر في رسالة الاستقالة، إن "خمسة عشرة عاما قاربت على الانقضاء منذ أن أطلت شاشة الجزيرة على جمهورها قوية مدهشة ومتميزة، ومنذ اليوم الأول قطعت الجزيرة على نفسها عهدا ووعدا بأنها مستقلة شعارها الرأي والرأي الآخر، ولعل كلمتي الإعلام والاستقلالية كانتا في ذلك الوقت من الأضداد التي لا تجتمع، فالإعلام الرسمي العربي كان قد أفسد صورة الصحافة في أذهان الناس، وحوّل الإعلامي إلى أداة طيعة في أيدي الحكومات، ولذا لم يكن يسيرا على مشاهدي الجزيرة أن يصدقوا وعد القناة ولا عهدها". مصادر إعلامية قالت انه تم تعيين الشيخ احمد بن جاسم بن محمد ال ثاني مديرا عاما للشبكة خلفا لوضاح خنفر الذي قدم استقالته رسميا اليوم.