تعد العلاقة بين التنصير والتجزئة وطيدة جدا، وتقدم تيمور الشرقية حالة بارزة في هذا السياق، حيث أدى تزايد النشاط التنصيري لمؤسسات ومنظمات تختفي وراء خطابات حقوق الإنسان والتنمية، إلى تقوية روح الانفصال والتجزئة لدى سكان المنطقة، انتهى بانفصال تيمور الشرقية عن إندونيسيا، وهي أكبر بلد إسلامية. وانفصلت تيمور الشرقية عن إندونيسيا في سنة 1999 وفي شتنبر من سنة 2001 من السنة نفسها، شكّلت الأممالمتحدة الحكومة التيمورية الأولى، لتخلف الحكومة الدولية التي حكمت تيمور الشرقية(لوروساي)، عقب إعلان انفصالها، ذلك الانفصال الذي لعبت فيه الكنيسة دورا هاما خلال ربع قرن ضد إندونيسيا، التي دخلت تيمور الشرقية في سنة 1975 بعد استقلال الجزيرة عن البرتغاليين الذي قضوا بها 4 قرون كاملة. لمّا خرج البرتغاليون من تيمور الشرقية في غشت 1975 كان أخطر ما تركوه وراءهم الديانة الكاثوليكية، التي أصبحت عامل صراع بين التيموريين وإندونيسيا، وعرفت تيمور الشرقية أكبر الأعمال التنصيرية خلال 25 سنة التي ظلت فيها تحت الحكم الإندونيسي، ومع أن نسبة غير المسلمين تعدّت 50 في المائة في بعض الأقاليم، لكنها تصل إلى 90 في المائة إلا في تيمور الشرقية. وهكذا شكّلت الكنيسة أكبر مؤسسة معارضة للحكم الإندونيسي طيلة الفترة ما بين 1975 و,1999 ولعب القساوسة دور المعارضين، الذين استطاعوا تأليب الغرب المسيحي ضد أندونيسيا، ولذات السبب لم يعترف الفاتيكان بتبعية تيمور الشرقية لإندونيسيا وظل يطالب بانفصالها، حتى برز قساوسة معارضون اكتسبوا شهرة دولية بسبب نقدهم للحكم الإندونيسي في تيمور. وتزعمت الكنيسة المطالبة بتقرير المصير، واستغلوا خطاب حقوق الإنسان للقول في إحدى بيانات مجلس القساوسة في يناير عام 1985 إن الكنيسة شاهدة على عملية تسير ببطء تستهدف الانقراض الثقافي والإثني والديني لشعب تيمور، كما وظفوا منبر الأممالمتحدة للضغط على إندونيسيا التي كانت تصفها الكنيسة بالاحتلال، وكتب القس بيلو رسالة إلى الأمين العام للأمم المتحدة في عام 1989 يقول إننا نموت كشعب وكأمة. هذا في الوقت الذي كان التنصير ينتشر كالنار في الهشيم على يد منظمات وهيئات تتخفى وراء المساعدات الطبية والإنسانية لتنصير مواطني تيمور. وحسب إحصاءات إندونيسية أوردها موقع ''إسلام أونلاين'' فإنه عندما خرج البرتغاليون من تيمور كليا، تاركين إياها دون نظام يحكمها عام ,1975 كان فيها 100 كنيسة. لكن عندما خرج الإندونيسيين منها عام 1999 تركوا فيها 800 كنسية على الأقل!، ويضيف التقرير بالقول إن التنصير في عهد البرتغاليين خلال أربعة قرون لم يصل إلى تحقيق جميع أهدافه؛ حيث تنصّر خلال حكم البرتغال 30% من السكان فقط، ولكن خلال الحكم الإندونيسي اندفع القساوسة الكاثوليك مدعومين غربيا إلى البدء بحملة واسعة لإدخال الريفيين والجبليين في تيمور من الوثنيين إلى النصرانية منذ عام ،1976 حتى أصبح 90 في المائة من التيموريين كاثوليك.