كما استنكر الريسوني خلال مشاركته في برنامج "سياسة في دين" على قناة "الجزيرة مباشر" ،وصف الإخوان مصر بالخوارج٫ كما جاء على لسان المفتي علي جمعة، وهو الامر الذي اعتبره الريسوني تزويرا للدين وكذبا على الله تعالى، واصفا هؤلاء العلماء بأنهم "علماء السلطان لسانهم طويل ويمكن أن يخدعوا الآلاف من بسطاء الناس". واوضح الريسوني أنه "إذا كان مقصودا بالخوارج من يخرجون عن الحاكم الشرعي، فالرئيس محمد مرسي هو الرئيس الشرعي، والذين خرجوا عليه ليسوا الإخوان، لكنه الانقلابي السيسي وزير الدفاع بسلاحه وأنصاره ومعاونيه، فحسب هذا التوصيف للخوارج يكون السيسي وأعوانه هم الخوارج لا الإخوان". وأشار نائب رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين إلى انه سبق ونصح الإخوان بعدم التهافت على السلطة، وانما لابد من المحافظة على مواقعهم كدعاة، مؤكدا أن مستقبل التيار الإسلامي سوف ينتصر سواء بالأحزاب او بالجمعيات او بغيرهم "لأنه أكثر التيارات خوفا على الوطن وأكثره نزاهة ويهدف إلى إصلاح الدول والأمة'. ويتوقع الريسوني أن الأنظمة الاستبدادية سوف تنكشف قريبا، وسيسقط الظلم الذي وقع على المصرين، "سوف تنتفض الأمة على الظلم ولن يعود الظلم مرة أخرى بالحجم الذي كان عليه في السابق".