يُدرك برشلونة أن غياب أيقونته ليونيل ميسي عن الكلاسيكو أمام ريال مدريد، لن يؤثر فقط في الحالة المعنوية للاعبين بل في النتيجة أيضاً، بعدما تجرع الفريق الكتالوني مرارة غيابه مرتين من قبل أمام الغريم اللدود. ولم يغب ميسي عن الكلاسيكو إلا مرتين فقط منذ صعوده للفريق الأول في 2004، وفي المرتين كان الغياب للإصابة وفي كامب نو ولم يفز برشلونة بل تعادل في مرة وخسر في الأخرى. حدث ذلك في موسم 2005-2006 لأول مرة، وحينها تعادل برشلونة بملعبه 1-1 بعدما سجل رونالدينيو للفريق الكطالوني، فيما سجل رونالدو للزائر المدريدي، بينما كان ميسي يعاني من إصابة عضلية. وتكرر الغياب في الموسم التالي 2006-2007 بسبب إصابة عضلية أخرى وخسر برشلونة 1-0 بهدف البرازيلي بابتيستا. وقبل ذلك غاب ميسي عن كلاسيكو في موسم 2004-2005 ولكن لأسباب فنية بعدما استبعده المدرب فرانك ريكارد، وكان في أول موسم للنجم الأرجنتيني ولم يكن يشارك كثيراً، وتفوق البرسا 3-0 بأهداف رونالدينيو وإيتو وفان برونكهوست. وبعدها أصبح ميسي يُشكل كابوساً للريال، فشارك في 38 كلاسيكو وشهد فوز برشلونة 17 مرة مقابل 12 هزيمة و9 تعادلات، ويظل الهداف التاريخي للكلاسيكو برصيد 26 هدفاً كما صنع 14 هدفاً.