عند الإنسان الذي يمتلك جهازا هضميا سليما، فإن الفلفل مفيد للجهاز الهضمي من أجل تنشيطه، شرط أن يتم تناوله بكمية معتدلة ليساعد على الهضم وفتح الشهية، أما الإكثار منه فبإمكانه أن يسبب في زيادة الإفرازات الهضمية للمعدة والقولون. وفي حالة وجود أي تقرحات في المعدة في الجهاز الهضمي، سيعيق الإكثار من الفلفل الحار شفاءها، كما أنه سوف يسرع من حركة الأمعاء، مما يؤدي إلى زيادة الحاجة إلى التبرز. أما الفوائد الأخرى للفلفل الحار، فإن الأمر يثير الجهاز العصبي عن طريق خلايا الفم، فيتم إفراز مادة تنبه وتنشط الدورة الدموية وترخي العضلات المتوترة وتخفف من الشعور بالألم في حالة وجوده، فيزيد نشاط الجسم نتيجة لهذه التغيرات. هناك دراسات ترجح أن تناول الفلفل الحار يزيد من حرق الطاقة في الجسم بسبب مادة الكابسين المسؤولة عن مذاقه الحار، هذا الأمر قد يكون له النفع في الإنقاص من الوزن لدى من يرغب في هذا، ذلك أنه لا توجد أي محاذير ليتناوله من يعانون السمنة أو السكري نظرا لقيمته الطاقية الضعيفة جدا.