التأثيرات الجانبية للمضادات الحيوية إضافة إلى مشكلة مقاومة البكتريا للمضادات الحيوية، فإن المضادات تسبب بعض الأعراض الجانبية التالية أعراض على الجهاز الهضمي: آلام بسيطة في المعدة -غثيان –قئ - إسهال. القضاء على البكتيريا المفيدة بجانب البكتيريا الضارة، مما يؤدى إلى الإخلال بالتوازن الطبيعي في الجسم بين الميكروبات، وبالتالي ظهور بعض الميكروبات والعدوى الانتهازية، مثل تكاثر فطريات الكانديدا في الفم وفي الجهاز الهضمي. قد تكون لدى بعض الأفراد حساسية لبعض المضادات الحيوية (وليس كلها) وتظهر عليهم أعراض الحساسية عند تناول المضاد الحيوي. كما أن هناك بعض الأعراض الجانبية على الكلى والكبد وخلايا الدم.