أفاد مسؤول في المكتب الوطني للماء الصالح للشرب أن أكثر من 28 في المائة من مصادر مياهنا الجوفية ملوثة، وأن احتياطي المغرب من المياه الجوفية والتي تشكل خزانا مائيا احتياطيا يمكن الرجوع الى استغلاله في حالة ضعف التساقطات المطرية، سواء تلك القليلة العمق أو العميقة مهددة بالتلوث بسبب تزايد الانشطة الصناعية والفلاحية والتوسع العمراني والزحف السكاني نحو المناطق التي توجد بها الانهار والسدود والمياه الباطنية الوافرة. وبحسب الدراسات المنجزة، فإن مطارح الأزبال والنفايات الصلبة تشكل تهديدا مباشرا لمصادر المياه الجوفية في المغرب، حيث تفرغ يوميا أزيد من 11 الف طن من الازبال في مطارح أغلبها لاتتوفر على شروط المعالجة والاحتياطات الواجب توفيرها لمواجهة التسربات نحو الفرشة المائية وتلويثها. ويشكل التلوث الناتج عن نفايات المطارح العمومية %8 من انواع التلوث المهددة لمنابع المياه، وتقدر مخلفات الانشطة الصناعية ب800 الف طن في السنة، وتنتج المؤسسات الاستشفائية العمومية والخاصة بالمغرب أزيد من 38 الف طن من الازبال وتتوزع بين النفايات المنزلية كبقايا المواد الغذائية والنفايات الخاصة بنشاط المستشفيات كمخلفات الحقن وأكياس الدم والاعضاء البشرية المريضة المبتورة، التي غالبا ما تكون مصابة بأمراض خطيرة جدا قد تكون سببا لعدوى بيولوجية او كيماوية. بينما يقدر التلوث الناتج عن النشاط الفلاحي بحوالي 8500 طن من الازوت و 15 طنا من المبيدات سنويا بسبب استعمال الاسمدة الكيماوية، وتشكل الانشطة الفلاحية نسبة %20 من التلوث المهدد للمياه وهذا ما ينعكس بشكل سلبي على الطبقات الجوفية القليلة العمق. في حين تشكل المياه المنزلية المستعملة نسبة %29 من التلوث المهدد لمصادر المياه، ويقدر حجم التلوث السنوي الناتج عن هذه المياه ب 260 الف طن من المواد القابلة للتأكسد و 73 الف طن من الفوسفور. كما يهدد التلوث الاحواض المائية وذلك من خلال تركيز الكوليفورم الذي يبلغ مستويات مرتفعة بمصب المياه المستعملة بعدد من المدن كطنجة، وجدة، مراكش، فاس، تطوان، بسبب وجود مواد عضوية بالمصبات الصناعية أو الحضرية. وبحسب مصادر من مصالح حفظ الصحة، فإن المياه الجوفية بمجموعة من المدن المغربية تعرف مستويات متفاوتة من التلوث،وذلك بسبب التسربات التي تعرفها مجاري المياه العادمة، خاصة في المناطق التي تشهد تواجدا للوحدات الصناعية، حيث درجة التلوث أكبر. الأمر الذي يؤثر على شبكة الثقوب المائية المستغلة في الحمامات الشعبية وهو مايشكل خطرا على صحة المستحمين ومايفسر تغير لون المياه في مجموعة من الحمامات بمجموعة من المدن.