حذر عدد من الباحثين والأكاديميين من أن تصويت جنوب السودان لصالح الانفصال، وإنشاء دولة جديدة، سيهدد ذرغم بعض الفوائد الاقتصادية الظرفية- على المدى البعيد، دولة أوغندا بالتفكك. وقد ورد هذا التحذير ، خلال ندوة انتظمت مؤخرا بالعاصمة السودانية، الخرطوم ، وبحثت «جوار السودان، واستفتاء تقرير مصير الجنوب». واتفق أغلب المحاضرين على أن أوغندا تعتبر من أكبر مؤيدي الانفصال رغم الموقف الرسمي لكمبالا الداعم لحرية الجنوبيين في تقرير مصيرهم. وقال الباحث بجامعة ماكيريري الأوغندية ، سمبا ,إن حجم الصادرات الأوغندية إلى جنوب السودان تضاعف ثلاث مرات منذ توقيع اتفاق السلام بين شمال السودان وجنوبه، ليصل إلى حوالي 250 مليون دولار, إضافة إلى العائدات الضخمة من التجارة «غير الرسمية» التي وصلت في 2008 حوالي 900 مليون دولار. وقد حذر الباحث من أن هذه المكاسب الاقتصادية الظرفية لأوغندا لا يمكن أن تحجب التهديد الكبير الذي قد يصل إلى وحدة هذا البلد واستقراره على المدى البعيد. وقال إن قيام دولة جديدة في جنوب السودان من شأنه أن يغذي تطلعات الأقليات المهمشة في شمال أوغندا نحو الانفصال عن السلطة المركزية التي تستحوذ عليها عرقية البانتو الجنوبية. وأضاف أن الروابط مع الجماعات العرقية بشمال أوغندا ستجعل دولة جنوب السودان ذفي حال قيامها- بين مطرقة نصرة الإخوان بشمال أوغندا وسندان الوفاء للحليف القديم (الحكومة الأوغندية) الذي ساعدهم في الحرب. وختم الباحث بأن الحل المثالي للجانبين (جنوب السودان وشمال أوغندا) يكمن في إرساء الديمقراطية والتمنية الشاملة والمستدامة.