En 1988, suite à la fatwa historique émise par l'ayatollah Khomeiny, le fondateur de la République islamique d'Iran, 30 000 prisonniers politiques ont été exécutés, dont 90% sont des membres et des partisans des Moudjahidines, ennemis jurés du régime iranien. Nombreux d'entre eux avaient purgé leur peine de prison et attendaient leur libération. Khomeiny appelle les Moudjahidines des « hypocrites » pour dire qu'ils ne sont pas musulmans; par conséquent, il faut les tuer. Dans le texte de sa fatwa, Khomeiny dit: « Parce que les hypocrites traîtres ne croyaient pas du tout à l'Islam, et tout ce qu'ils disent est dû à leur tromperie et leur hypocrisie, et selon leurs dirigeants, ils ont apostasié de l'Islam à cause de leur hostilité... ceux qui sont dans les prisons à travers le pays pour leur hypocrisie et qui insistent sur leurs hostiles croyances sont condamnés à mort ». Il est clair que le fondateur de la République islamique dit que quiconque refuse de renoncer à ses croyances et à son affiliation avec les Moudjahidines doit être exécuté. Pour souligner l'exécution de toute personne loyale aux Moudjahidines, Khomeiny a déclaré : « Celui qui est à n'importe quel stade, s'il est hypocrite, sa peine est la mort. Détruisez les ennemis de l'Islam immédiatement ». Dès sa prise de pouvoir, Khomeiny a tenté de persuader les Moudjahidines de suivre Velayat-e-Faqih. Quand cela n'a pas fonctionné, il a déclaré lors d'une réunion tenue à Qom en avril 1980 avec quelques ecclésiastiques proches de lui, que: « L'islam sans clergé est une idée appartenant aux Moudjahidines. On devrait s'affronter avec eux une fois pour toutes. » Dès le premier jour, la liberté était la base du différend entre les Moudjahidines et Khomeiny qui considéraient la liberté sans rapport avec l'Islam. Dans l'idéologie des Moujahedines, la liberté est l'essence de l'existence humaine et qui la distingue du règne animal. Ils croient que la liberté et le libre choix forment une identité humaine, et en niant la liberté de choix et la liberté politique et sociale, on nie l'essence de l'existence humaine. Ils croient que c'est l'un des enseignements centraux des religions monothéistes dont l'Islam. Aux yeux des Moudjahidines, l'humanité est le principe et le sexe n'a pas d'importance. Dans ce raisonnement, ils défendent l'égalité entre les hommes et les femmes dans tous les domaines socio-politiques et économiques, et considèrent les hommes et les femmes comme égaux dans l'héritage. Aux yeux des mollahs, un homme hérite deux fois plus qu'une femme. Les Moudjahidines croient que les hommes et les femmes méritent le même droit au divorce. Les lois iraniennes en vigueur donnent le droit de divorcer exclusivement au mari. Dans l'Iran d'aujourd'hui, une femme ne peut pas voyager sans la permission de son mari. Aux yeux des mollahs, les témoignages de deux femmes équivalent à celui d'un homme. Les Moudjahidines cherchent à établir un gouvernement iranien où la religion est séparée de l'Etat et les sexes sont égaux. Les lois civiles et pénales iraniennes actuelles reposent sur le déni total des droits et des responsabilités des femmes et sur la privation de leur humanité. Les Moudjahidines croient également que c'est le vote libre du peuple qui approuve la légitimité politique, alors que Khomeiny et l'actuel guide suprême de l'Iran, Khamenei, n'accordent aucune valeur au vote du peuple. Aux yeux des mollahs, la légitimité ne vient que du Guide Suprême. La situation qui a prévalu dans le système électoral iranien soutient le déni du vote populaire et de la démocratie. Le Guide Suprême nomme directement ou indirectement les membres du Conseil des gardiens, et c'est le Conseil des gardiens qui approuve ou rejette l'autorité de tout membre du parlement ou candidat à la présidence. L'Organisation des Moudjahidines du peuple d'Iran est un groupe religieux musulman dont le contenu et la forme sont entièrement différents du système au pouvoir en Iran et des dogmes religieux qui en découlent. Geoffrey Ronald Robertson, QC, avocat des droits de l'homme, universitaire, auteur et diffuseur, déclare : « Il est important de voir, d'analyser si ce qui est arrivé à ces milliers de MEK auparavant a été correctement et légalement classé comme génocide. Staline a tué 3 millions..., mais il n'était pas reconnu comme génocide parce qu'il ne les a pas tués à cause de leur race ou de leur religion. Maintenant, pour constituer un génocide, cela doit être le meurtre d'un groupe basé sur sa race et sa religion, et non sur sa politique ». La race et la religion sont les deux facteurs qui éveillent la haine, la haine entre voisins, la haine entre différentes classes de personnes. Pourtant, la race ne peut pas changer, et la religion est souvent difficile à changer parce qu'elle est enracinée dans nos croyances et nos valeurs. Nous devons revenir à la fatwa elle-même pour voir quel en était le but. Elle a été publiée par Khomeiny et a qualifié ces individus d'hypocrites de l'Islam, appelant à leur exécution. C'est un génocide fondé sur la foi. Hamid Enayat, Analyste, spécialiste de l'Iran