Les premières fouilles archéologiques, datant de 1950, avaient permis de découvrir sur le site des pièces de monnaies, des fragments en céramique et d'amphores de l'époque romaine. En 1951, un matériel, encore plus ancien (lampes puniques, épigraphie sémitique) fut trouvé, à plus de deux mètres de profondeur. Entre 1956 et 1959, une abondante céramique phénicienne, accompagnée de fragments d'amphores grecques et de vases chypriotes furent trouvés dans les niveaux inférieurs. Lors des travaux de 1957 une importante habitation Mauritanienne, remaniée et agrandie à l'époque romaine, sera découverte. Des archéologues marocains et allemands sont tout récemment allés sur les traces des vestiges de l'île de Mogador. Cette équipe scientifique avait pour objectif l'étude de l'île de Mogador et des occupations antiques qu'elle a connues : l'occupation phénicienne, mauritanienne, la période de Juba II et l'occupation romaine. D'ailleurs, pendant ces périodes antiques, le site d'Essaouira était déjà mentionné dans les récits des historiens, géographes et voyageurs. Certaines dénominations d'époque indiquent l'emplacement de Mogador : Thamusiga, citée par Ptolémée (IIe siècle av. J.-C.) et île de Cerné indiquée dans des textes antiques (Le périple d'Hanon au VIIe siècle av. J.-C.). L'équipe scientifique maroco-allemande a travaillé pendant quinze jours sur l'île, classée Site d'Intérêt biologique et écologique (SIBE) depuis 1980. Par ailleurs, des géophysiciens ont effectué des prospections géophysiques. Ce programme, d'une durée de cinq ans renouvelable, est financé majoritairement par l'Allemagne. Il ne se limite pas aux fouilles. Il englobe aussi des formations pour la recherche. Des étudiants allemands et marocains intégreront l'équipe d'archéologues. Par ailleurs, deux amphores datant d'environ 2000 ans, ont été découvertes dernièrement. Elles ont été repêchées par un ramasseur d'algues aux environs de l'île, à une profondeur de 12 m.
