أفتى الدكتور مصطفى بن حمزة بجواز التبرع بأعضاء من المسلمين لغير المسلمين من أجل العلاج، واعتبر ذلك مندرجا ضمن وجوب إحياء النفس المنصوص عليها في الآية الكريمة: ومن أحياها فكأنما أحيا الناس جميعا، وأكد في فتواه الفقهية التي تلقت التجديد نسخة منها أن المقصود بالإحياء هو تمكين النفس من الاستمرار في الحياة وإنقاذها من الهلاك، ونفى أن يكون المراد من الآية حصر الأمر في النفوس المؤمنة، وأشار في الفتوى التي ستنشرها >التجديد< في عدد الغد إلى أن سياق الآية يؤكد أن الباعث على الإنقاذ هو الرحمة والشفقة، ومعرفة قيمة الحياة الإنسانية، واحترامها والوقوف عند حدود الشريعة في حقوقها، وقال عضو المجلس العلمي الأعلى: إن الآية تعلمنا وحدة البشر وحرص كل منهم على حياة الجميع وأضاف بن حمزة في نفس الفتوى أن استبقاء النفوس والحفاظ عليها تعتبر من مقاصد الشريعة الإسلامية وأن ذلك هو الأصل في تعامل المسلمين مع غيرهم. وإلى جانب آية إحياء النفوس والتي اعتبرها بنحمزة أصلا في تجويز تبرع المسلمين بأعضائهم لغير المسلمين لأجل العلاج استدل على صحة اجتهاده الفقهي بتقرير الإسلام جوزا عقد اتفاقيات الدفاع المشترك بين المسلمين وغيرهم، وتعهد النبي صلى الله عليه وسلم في وثيقة المدينةالمنورة بالدفاع عن معاهديه يهود المدينة، واعتبر بن حمزة أن المقتضى الواضح لهذه الاتفاقيات أن يكون المسلمون مستعدين لبذل أرواحهم وهم يدافعون عن حلفائهم من غير المسلمين وفاء بمقتضى العهد. وانتقد بن حمزة الآراء الفقهية التي تبيح أخذ الأعضاء من الغير وتحرم على المسلمين إعطائها إليهم ووصفها بأنها متناقضة وغير عادلة فضلا عن كونها تضع المسلمين في مشكلة أخلاقية لاسيما المقيمين منهم في الغرب، ونبه على خطورة استغلال هذا السلوك في إبراز عدم قابلية المسلمين للانسجام مع أفراد البلاد المضيفة التي أصبحت بالنسبة للأجيال التالية بلد مولد واستقرار. وختم بن حمزة فتواه بالتذكير بأن ثقافة الإسلام تذهب بعيدا في البذل للغير، وهذا كله يؤصل جواز التبرع بالأعضاء لفائدة الأغيار، خصوصا حينما يكون ذلك على أساس المكافأة والمعاملة بالمثل. يذكر أن الدكتور بنحمزة سبق وأدلى بهذا الرأي في لقاء بمدينة أوتريخت بهولندا بتاريخ 28/01/2006 ترأس جلسة افتتاحه وزير الصحة الهولندي السيد هوكرفوخت وحضره عدد من المستشرقين والباحثين وأفراد من مسؤولي جمعيات الجالية المسلمة بهولاندا. هذا وكان أثير جدل حاد في مصر حول قضية تبادل الأعضاء البشرية لأغراض علاجية بين أتباع الديانات المختلفة، واتهمت فيه بعض الآراء المنسوبة إلى الاجتهاد الفقهي الإسلامي بتكريس ثقافة اللاتعايش بين أتباع الديانات.