امتاز المصحف المحمدي الشريف الذي أذن الملك محمد السادس بطبعه بمميزات وخصائص تميزه عن بقية المصاحف التي طبعت قبله على الصعيد الرسمي، عددها الفقيه لحسن الرحموني عضو الهيئة العلمية بمؤسسة محمد السادس لنشر المصحف الشريف في عرض له بالندوة العلمية التي كانت قد نظمتها المؤسسة حول موضوع»المصحف المحمدي الخصائص والمميزات». وذكر الرحموني من هذه الخصائص: 1)موافقته للمذهب المالكي الذي أجمع المغاربة على الأخذ به منذ الدولة الادريسية وإلى يومنا هذا في عدم عد البسملة آية من الفاتحة، استنادا للحديث النبوي الشريف الذي رواه أبو هريرة رضي الله عنه وأخرجه مالك في الموطأ عن العلاء بن عبد الرحمان بن يعقوب انه سمع أبا السائب مولى هشام بن زهرة يقول سمعت أبا هريرة يقول سمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول من صلى صلاة لم يقرأ فيها بأم القرآن فهي خداج غير تمام، قال فقلت يا أبا هريرة إني أكون أحيانا وراء الإمام قال : فغمر ذراعي ثم قال: اقرأ بها في نفسك يا فارسي، فإني سمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول: قال الله تبارك وتعالى قسمت الصلاة بيني وبين عبدي نصفين فنصفها لي ونصفها لعبدي ولعبدي ما سأل، قال رسول الله صلى الله عليه وسلم: اقرؤوا يقول العبد الحمد لله رب العالمين يقول الله تبارك وتعالى حمدني عبدي ويقول العبد الرحمن الرحيم يقول الله : أثنى على عبدي ويقول العبد مالك يوم الدين يقول الله مجدني عبدي يقول العبد إياك نعبد وإياك نستعين فهذه الآية بيني وبين عبدي ولعبدي ما سأل يقول العبد اهدنا الصراط المستقيم صراط الذين أنعمت عليهم غير المغضوب عليهم ولا الضالين فهؤلاء لعبدي ولعبدي ما سأل . قال الحافظ أبو عمر بن عبد البر في هذا الحديث هو أقطع حديث وأثبته في ترك قراءة بسم الله الرحمن الرحيم والله أعلم وقال الباجي: وقوله صلى الله عليه وسلم يقول العبد الحمد لله رب العالمين بيان أن هذا أول السورة من وجهين أحدهما أنه بدأ بقوله الحمد لله رب العالمين ولو كانت بسم الله الرحمن الرحيم أول لبدأ بها. والثاني أنه قرأ جميع ما سمي صلاة وذكر فضل كل شيء منها فلو كانت بسم الله الرحمن الرحيم منها لقرأها وذكر فضلها. 2)موافقته لرواية ورش عنه نافع التي درج عليها المغاربة في الأخذ بالعد المدني إذ عد الآي تترتب عليه أحكام في الإمالة وميم الجمع. 3)موافقته لما عليه المغاربة من الأخذ بالعد المدني الأخير 4)موافقته للمذهب المالكي في عد السجدات، ففي الموطأ قال مالك الأمر عندنا أن عزائم سجود القرآن إحدى عشرة سجدة ليس في المفصل منها شيء فما لك وأصحابه وطائفة من أهل المدينة لا يرون السجود في المفصل وهو قول ابن عمرو ابن عباس وروي ذلك عن أبي بنكعب وهو قول سعيد بن المسيب والحسن البصري وسعيد بن جبير وعكرمة ومجاهد وطاووس وعطاء، كل هؤلاء يقولون ليس في المفصل سجود بالأسانيد الصحاح عنهم وقال يحيى بن سعيد أدركنا القراء لا يسجدون في شيء من المفصل . 5)موافقته لما اختاره المغاربة من وجوه الرسم وجرى به العمل عندهم كحذف كلمة (كدت) وألف التثنية إن توسط حيثما وجد في القرآن غير لفظة تكذبان وإثبات ألف أذاقها في سورة النحل وغير ذلك من وجوه الرسم. 6)موافقة لما ذهب إليه المغاربة من وجوه الضبط كإتباع الصلة للحركات التي قبلها، ووضعها تحت الألف إن كان قبلها تنوينا ما لم يكن ثالث الكلمة مضموما فإنهم يجعلونها في الوسط، ووضع ضبط الابتداء نقطة نحو (الحمد لله) (اضرب) (ادع) وغير ذلك من وجوه الضبط. 7)موافقته لما قرره علماء الرسم والضبط من التدقيق في رسم الحروف بحيث تكون الميم والعين وغير من الحروف المجوفة غير مطموسة ووضع النقط والضبط فوق أو تحت الحروف بحيث لا يكون النقط والضبط محرفا عن الحروف. 8)تحسين الخط ومباعدة الأشكال من الحروف حسبما تنص على ذلك علماء الضبط لكي لا تجئ السطور مختلطة 9)موافقته لما عليه المغاربة في تقسيم القرآن في الأحزاب والأثمان والأرباع والأنصاف مع مراعاة ما عليه بعض الجهات وما درج عليه المغاربة في مصاحفهم. 10) أخذه بوقف الهبطي مع مراعاة ما درج عليه المغاربة في قراءة الحزب من السكت والوصل بين السور. 11)وضع علامات الوقف على الحرف الذي يوقف عليه بدقه لأن ذلك له تأثير في كيفية الوقف على الكلمة فكلمة (المهتدى) في الأعراف يوضع الوقف فيها على الياء بخلاف (المهتد) الواقع في الإسراء والكهف، فإن الوقف يوضع على الدال.