أوصت هيأة الانصاف والمصالحة في إطار دعم التأصيل الدستوري لحقوق الإنسان ، بتعزيز مبدأ فصل السلط وبمنع الدستور لكل تدخل من طرف السلطة التنفيذية في تنظيم وسير السلطة القضائية،وتعزيز المبدأ الدستوري، من حيث فصل السلط، وخاصة فيما يتصل باستقلال العدالة والنظام الأساسي للقضاة، مع المنع الصريح لأي تدخل للسلطة التنفيذية في تنظيم العدالة وسير السلطة القضائية. واعتبرت الهيئة أن توطيد دولة القانون يتطلب إضافة إلى ذلك، إصلاحات في مجالات الأمن والعدالة والتشريع والسياسة الجنائية. وبتقوية استقلال القضاء، التي تتطلب مراجعة النظام الأساسي للمجلس الأعلى للقضاء بواسطة قانون تنظيمي تراجع تشكيلته ووظيفته بما يضمن تمثيلية أطراف غير قضائية داخله، مع الإقرار باستقلاله الذاتي بشريا وماليا وتمكينه من سلطات واسعة في مجال تنظيم المهنة ووضع ضوابطها وأخلاقياتها وتقييم عمل القضاة وتأديبهم وتخويله إعداد تقرير سنوي عن سير العدالة. كما جاء في توصيات هيأة الانصاف والمصالحة بشأن «تأهيل العدالة وتقوية استقلاليتها» مايلي : فصل وظيفة وزير العدل عن المجلس الأعلى للقضاء؛ جعل المجلس الأعلى للقضاء بمقر المجلس الأعلى بالرباط؛ تقوية الضمانات الدستورية لاستقلال المجلس الأعلى للقضاء وجعل نظامه الأساسي يحدد بقانون تنظيمي يتم بمقتضاه مراجعة تشكيلته ووظيفته بما يضمن تمثيلية أطراف غير قضائية داخله، مع الإقرار له باستقلاله الذاتي بشريا وماليا، وتمكينه من سلطات واسعة في مجال تنظيم المهنة ووضع ضوابطها وأخلاقياتها وتقييم عمل القضاة وتأديبهم. وتخويله إعداد تقرير سنوي عن سير العدالة. متابعة تسريع وثيرة إصلاح القضاء والنهوض بمستواه؛ مواصلة تحديث المحاكم؛ تحفيز القضاة وأعوان العدالة، وتكوينهم الأساسي والمستمر والتقييم المنتظم لأدائهم؛ مواصلة مشاريع تنظيم مختلف المهن القضائية وجعلها قادرة على الضبط الذاتي لشؤونها من حيث الحقوق والواجبات والأخلاقيات. مراجعة تنظيم واختصاصات وزارة العدل بشكل يمكن يحول دون أي تدخل أو تأثير للجهاز الإداري في مجرى العدالة وسير المحاكمات؛ تجريم تدخل السلطة الإدارية في مجرى العدالة؛ تشديد العقوبات الجنائية في حق كل إخلال أو مساس بحرمة القضاء واستقلاله. الإقرار دستوريا بمبدأ براءة كل متهم إلى أن تثبت إدانته، وضمان حقه في محاكمة عادلة.