انتقد وزير الخارجية الجزائري أحمد عطاف، الآلية المعتمدة في انتخابات مفوضية الاتحاد الافريقي، معتبرا بأن إعطاء الأولوية لمبدأ التناوب الإقليمي فانتخابات المفوضية، قد ينتج قيادة ناقصة الشرعية من "حيث ظهورها كخيار لمنطقة، وليس للقارة". وقال عطاف فكلمتو خلال أشغال المجلس التنفيذي للاتحاد الافريقي بأديس أبابا، إنه لا بديل عن اعتماد معيار الكفاءة والأهلية، فاختيار كبار مسؤولي مفوضية الاتحاد الإفريقي. واعتبر الوزير الجزائري بأن "حصر قرار وحق الترشح في منطقة بعينها"، "قد يتحول إلى إملاءٍ من قبل ذات المنطقة على المنظمة برمتها، وقد يتحول في أحيان أخرى إلى مصدر للتجاذبات والتوترات داخل الإقليم المعني بتقديم الترشحات والترشحات المضادة، على حد رأيه. ويعكس انتقاد وزير الخارجية الجزائري لآلية انتخاب كبار المسؤولين في المفوضية الإفريقية، استياءا واضحا من قبل الجزائر من مواقف رئيس مفوضية الاتحاد الافريقي الحالي التشادي موسي فقي محمد، الذي حرص منذ توليه المنصب على النأي بهذه الهيئة الافريقية عن السياسات الجزائرية، ووضعه حدا للسياسة التي تبنتها الرئيسة السابقة للمفوضية الجنوب إفريقية نكوسازانا دلاميني زوما، التي ظلت تسخر هذا المنصب للترويج للمواقف العدائية للوحدة الترابية للمغرب ولسيادته على أقاليمه الجنوبية. وكان موسى فقي محل انتقاد من قبل الجزائر في أكثر من مناسبة، حيث تعرض في أبريل العام الماضي، لهجوم غير مسبوق من قبل الخارجية الجزائرية، بعدما تلقى أوراق اعتماد المغربية أمينة سلمان ممثلة دائمة لاتحاد المغرب العربي لدى الاتحاد الإفريقي، وصبت الجزائر حينها جام غضبها على فقي، واصفة قراره ب "المتهور والطائش واللامسؤول".