أظهرت دراسة علمية أن مستوى الهرمونات في أجسام النساء اللواتي يتناولن حبوب منع الحمل مرتفع، لذلك فهن أكثر عرضة للإصابة بسرطان الثدي. ووفقا لخبراء من جامعة ميتشيغان الأمريكية، فإن احتمال الإصابة بسرطان الثدي يرتفع عند ازدياد مستوى الهرمونات في الجسم، وخاصة بعد سن الخمسين، أي بعد توقف الدورة الشهرية والدخول في مرحلة سن اليأس. وهذا يعني أن لحبوب منع الحمل تأثير سلبي ولكنه ليس كبيرا جدا. ولاحظت العديد من النساء أن الطبيب يقيس مستوى ضغط الدم لديهن قبل أن يكتب وصفة أقراص منع الحمل، لأن هذه الأدوية تزيد من خطر التجلط المميت. ولكن الخطر الحقيقي يرتبط بعاملين أساسيين: زيادة مستوى هرمون الإستروجين، واختلاف نوع البروجسترون المستخدم في هذه الحبوب. ويظهر 50-80% من خطر أقراص منع الحمل عند استخدام أقراص الجيل الثالث بدلا من الجيل الثاني. كما تزيد أقراص منع الحمل من احتمال الإصابة بسرطان عنق الرحم. هذا الخطر يرتفع بزيادة مدة تناول المرأة لهذه الحبوب، فبعد خمس سنوات يتضاعف هذا الخطر. والخطر الآخر الناتج عن تناول عقارات منع الحمل، هو الجلطات الدموية، وخاصة للنساء اللواتي يعانين من الصداع النصفي، حيث يتضاعف احتمال إصابتهن بالجلطة الدماغية.