تحكم موضوع الخلافة بقوة في العلاقات الدبلوماسية بين الجانب المغربي والعثمانيين الأتراك، فالسلطان هو اللقب المعتاد عند العثمانيين، وتُشَكِّلُ حالة مخاطبة المسلمين استثناءا، إذ يظهر ذلك من خلال الرسائل التي بعثها العثمانيون إلى شريف مكة وأيضا في المراسلات التي خاطبوا بها المغرب والصفويين، حيث استعمل الأتراك لقب الخليفة تعمُّدا في كثير من مراسلاتهم منذ القرن 16م. كما استعملوا هذا اللقب لاحقا خلال مرحلة ضعف الدولة لإثبات شرعية الحكم في المناطق الإسلامية حسب الأستاذ عبد الرحيم بنحادة الذي خصص للألقاب حيزا في كتابه العثمانيون المؤسسات والاقتصاد والثقافة. تمكن العثمانيون في صراعاتهم بالمشرق من امتلاك مفاتيح الكعبة بتأييد مطلق من شريفها أبو البركات، فأصبح السلطان العثماني حائزا للقب حامي الحرمين الشريفين، وراعي الحجاج المسلمين. وبالإضافة إلى ذلك أصبحت الدولة العثمانية الحامل لراية الجهاد خصوصا بعد عجز المماليك بمصر عن مواجهة الإفرنج فتقوضت بذلك زعامتهم نهائيا كحماة للدين الإسلامي، ففي تاريخ الدولة العلية العثمانية لمحمد فريد بك المحامي ذكر "أن محمد المتوكل على الله آخر ذرية الدولة العباسية…وكانت له الخلافة بمصر تنازل عن حقه في الخلافة الإسلامية إلى السلطان سليم العثماني…وسلمه أيضا مفاتيح الحرمين الشريفين، ومن ذلك التاريخ (1517م)، فصار كل سلطان عثماني أميرا للمؤمنين وخليفة لرسول رب العالمين اسما وفعلا". ومن هنا اكتسب العثمانيون أحقية الزعامة والقيادة، ومنحهم ذلك تأييد الزعامات المحلية في غالبية البلاد العربية، ومما قاله خير الدين بربروس في هذا الصدد:" اعتقد بأنه ما لم يتم إخضاع سلطان المغرب فإنه من المستحيل بسط سيطرة الأتراك على إفريقيا. وذات يوم طلبت حضور عدد من أمراء العرب.. وخاطبتهم بالقول: إن السلطان المعظم سليم خان هو خليفة رسول الله.. فكيف يتسنى لكم أن تتركوا خليفة المسلمين وسلطان العالم وتقرؤون الخطبة وتضربون النقود باسم سلطان المغرب، إن مستقبلكم ومستقبل بلادكم مرهون بضرب السكة باسم السلطان الأعظم" (مذكرات خير الدين بربروس، ص95) لم يكن هذا التصور خاص بالجزائر وباقي الدول التي خضعت للعثمانيين، بل حتى في المغرب الأقصى أيضا، فعلى سبيل المثال وصف ابن أبي محلي السلطان أحمد العثماني بملك البحرين وإمام الحرمين الشريفين، واعتبر العثمانيين عصابة الجهاد في الحروب ولذلك استنفرهم للجهاد ضد من كان سماهم عبدة الصليب حسب ما ذكر عبد المجيد قدوري، كما أن أحمد بن قاسم الحجري المشهور بأفوقاي خصص أيضا للأتراك مكانة متميزة في رحلته ناصر الدين على القوم الكافرين (خرّجها محمد رزوق) إذ تحدث بإعجاب كبير عن دولتهم ودورهم في صيانة دار الإسلام، واعتبرهم القوة الوحيدة القادرة على مواجهة المد الأوربي يقول: "وكل واحد من السلاطين النصارى يرتعد ويخاف من سلاطين الإسلام والدين المجاهدين في سبيل رب العالمين وهم السلاطين الفضلا العظما العثمانيون التركيون". وإذ كان السلاطين المغاربة يشتركون مع العثمانيين في شرعية "واجب الجهاد"، فإنهم ارتكزوا على النسب الشريف الذي له دلالة خاصة في مسألة شرعية الخلافة، فأغلب العلماء المغاربة جعلوا من القرشية شرطا للخلافة، يقول الناصري في الاستقصا: "لأن لقب أمير المؤمنين خاص بالخليفة، والخليفة من قريش". ويورد علي السملالي في مطالع الحسن: "وللإمامة شروط أن يكون قرشيا، وأن يكون واحدا في الأرض، وأن يكون شجاعا قوي النفس، بحيث يزحف بالناس إلى الجهاد". لكن التساؤل الذي يطرح بقوة هو: لماذا كان السلاطين الأشراف يلجؤون في بعض الأحيان إلى الدعاء للعثمانيين على المنابر؟ ومن ثم نتساءل هل كان هذا الاعتراف وسيلة لقطع الطريق على أي تدخل عثماني محتمل؟ أم أنه ناجم عن قناعة حقيقية بوجوب وحدة دار الإسلام؟ إن الصراع حول الخلافة تحكم في كثير من الأحيان في نوعية العلاقات بين الطرفين إلى حد كبير خصوصا في بعض الفترات التي يكون فيها المغرب قويا على المستوى الداخلي، ونذكر على سبيل المثال اتخاذ المنصور لقب الخليفة وإمارة المؤمنين بعد توليه السلطة مباشرة، مما أثار حفيظة العثمانيين خاصة عندما استقبل سفارة من ملك بورنو إدريس ألوما الذي بحث عن دعم عسكري لمواجهة أعدائه الصونغاي. يقول المؤرخ الفشتالي في مناهل الصفا: "…ورد الرسول (من ملك بورنو) ثانية إلى الأبواب العلية المشرفة، فوافى أمير المؤمنين بحضرته العلية مراكش دار الخلافة، فأزاح اللبس وبين الغرض، فصدع لهم أمير المؤمنين حينئذ أيده الله بكلمة الحق والدعاء إلى التي هي أقوم وطالبهم بالمبايعة له والدخول في دعوته المباركة التي أوجب الله عليهم (...) وقرر لهم (...) أن الجهاد الذي ينقلونه ويظهرون الميل إليه، لا يتم لهم فرصة ولا يكتب عمله ما لم يستندوا في أمرهم إلى إذن من إمام الجماعة الذي اختص الله اليوم أمير المؤمنين أيده الله بوصفه الشريف، وصرف إليه بذلك كفالة الأمة ووراثة الأرض وتراث النبوة والرسالة وقلده بها حماية بيضة الإسلام لما اختصه به تعالى من شرف الشرف…وفضله على جميع أولي الأمر والسلطان من ملوك الأرض بالنسب القرشي الذي هو شرط الحلافة بإجماع من علماء الإسلام وأئمة السنة الأعلام (…) وعلق لهم أيده الله الإمداد على الوفاء بهذا الشرط فالتزمه الرسول وزعم أيضا عن سلطانه بالقبول فودع وانصرف". وموازاة مع ذلك قام الأتراك كرد فعل على بيعة ملك بورنو للسلطان السعدي بتقديم الدعم العسكري لإمبراطورية الصونغاي، وهذا لا شك يدخل في إطار الصراع حول منصب الخلافة و زعامة الأمة الإسلامية بين القوتين، وبخصوص الصراع العثماني السعدي على مناطق النفوذ في السودان ومصر يراجع: عبد الكريم كريم، المغرب في عهد الدولة السعدية دراسة تحليليلية لأهم التطورات السياسية ومختلف المظاهر الحضارية، ونجد هذا الصراع الخفي حول الخلافة يتكرر في الكثير من الكتابات المغربية الأخرى، ففي رحلة علي بن محمد التمكروتي التي دونها بعد سفارته إلى استانبول وفي معرض حديثه عن ظلم الأتراك يعبر بالقول: "والترك جاروا على أهل تلك البلاد وأفسدوها، وضيقوا على أهلها في أرضهم وديارهم وأموالهم (…) إلى غير ذلك من الذل والإهانة التي هم فيها، هكذا أهل افريقية كلهم معهم (…) وقد رأينا العجب العجاب في كثرة اشتياقهم وحنينهم إلى حكم موالينا الشرفاء.. تالله لقد كنا من تحدثنا معه من خيار أهل تونس وأعيان مصر الذين لقيناهم بالقسطنطينية يبكون على ذلك بالدموع وينتحبون، ويودون لو وجدوا سبيلا إلى الانتقال إلى المغرب والتخلص إليه لاشتروه بالدنيا وما فيها، فرج الله عليهم وأدام علينا أهل المغرب ما خصنا به، وخلد ملك موالينا ذرية رسول الله صلى الله عليه وسلم". إن هذا الموقف يوضح ما كان بين الكيانين السعدي والعثماني من تنافس وصراع حول ولايات الشمال الإفريقي، وجاء خطاب التمكروتي أكثر وضوحا من غيره في مسألة أحقية الشرفاء المغاربة بالخلافة دون غيرهم، يقول: "والعثمانيون من جملة المماليك والموالي الذين دافع الله بهم عن المسلمين، وجعلهم حصنا وسورا للإسلام، وإن كان أكثرهم وأكثر أتباعهم ممن يصدق عليه قوله صلى الله عليه وسلم: (إن الله يؤيد هذا الدين بالرجل الفاجر)، وإنما كانوا حملوا الإمارة وقلدوا الأمر في الحقيقة نيابة وأمانة يؤدونها إلى من هو أحق بها وأهلها وهم موالينا الشرفاء ملوك بلادنا المغرب الذين شرفت بهم الإمامة والخلافة، وكل مسلم لا يقول عكس هذا ولا خلافه(…) وقد اجتمع المسلمون على أن الإمامة لا تنعقد إلا لمن هو من صحيح قريش، لقوله صلى الله عليه وسلم: "الخلافة في قريش"(…) وكون ملوك المغرب أولى بهم من غيرهم من قريش). من هذه النصوص نستنتج أن التمكروتي لم ينكر دور العثمانيين في نشر الإسلام، لكنه ينتقل إلى مستوى ثان في التحليل حسب عبد اللطيف الشاذلي، وهو أن العثمانيين جائرون لم يلتزموا العدل بين الرعية، ثم ينتقل إلى المقصود وهو من الأحق بالخلافة؟ فالتمكروتى كفقيه كان واعيا بضرورة التبعية لسلطة سياسية واحدة وهي الخلافة الإسلامية التي كان يراها من حق الشرفاء السعديين وحدهم لا غير. استنتج الباحث حسن إبراهيم شحادة تناقضا بين الهدف من رحلة التكروتي ومنطوق ما جاء في بعض نصوصها، مما دفعه إلى الاعتقاد بأن الرحلة كانت تعكس طبيعة العلاقات المغربية العثمانية خلال فترة حكم المولى إسماعيل والتي تزامنت مع فترة كتابة النسخة المتداولة حاليا، وهو ما يدفع إلى الاعتقاد بأن الرحلة قد خضعت لبعض التغييرات، ولا نتفق مع هذا التأويل الذي ذهب إليه حسن إبراهيم، فالتمكروتي كان يعبر عن آرائه الشخصية، كما أن أحمد المنصور الذي كلفه بهذه السفارة تلقب بالخليفة واتخذ اسم أمير المؤمنين. لذلك لا نجد أي تعارض بين موقف التمكروتي وموقف الدولة السعدية آنذاك. ومهما يكن من أمر فإن هذا يعكس بوضوح الصراع الخفي حول موضوع شرعية الخلافة بين المغرب والدولة العثمانية.