Le rapport final de l'IER englobe une série de recommandations portant aussi bien sur la réparation individuelle ou communautaire que sur les mécanismes de suivi. Mais il est surtout question de recommandations pour des garanties de non-répétition. Pour la consolidation du processus de réformes, garantir la non-répétition et lutter contre l'impunité. Tel pourrait être l'intitulé générique sous lequel peuvent figurer les multiples recommandations faites par l'IER à la fin de son mandat et qui figurent en bonne place dans le rapport final soumis à l'appréciation de Sa Majesté le Roi. C'est dans ce sens que l'IER insiste sur la consolidation des garanties constitutionnelles des droits de l'Homme. De manière claire, l'IER recommande que la priorité aille au droit international plutôt qu'au droit interne en matière des droits de l'Homme. Mais aussi le respect de la présomption d'innocence et le droit à un procès équitable en plus du renforcement de la séparation des pouvoirs. L'IER recommande un autre travail en profondeur qui déboucherait à expliciter, dans le texte de la Constitution, les libertés et droits fondamentaux comme le droit de manifester ou encore l'inviolabilité du domicile et le secret des correspondances. Dans l'optique de l'IER, ce travail d'explicitation devrait permettre à tout citoyen concerné de recourir à la Constitution pour faire valoir ses droits. Cet effort serait incomplet sans d'autres efforts visant à renforcer la constitutionnalité des lois. L'IER recommande également l'adoption et la mise en place d'une stratégie nationale de lutte contre l'impunité et ce à travers des politiques publiques dans le domaine de la justice, de la sécurité et du maintien de l'ordre. A titre d'exemple, l'IER recommande que le droit Marocain intègre les qualifications et les éléments constitutifs des crimes se rapportant à la disparition forcée, à la torture et à la détention arbitraire. Le rapport final consacre une série de recommandations rien qu'aux réformes à introduire dans les domaines sécuritaire, législatif et judiciaire. Ainsi, le recours à la force publique, à toutes les échelles, doit faire l'objet d'une clarification des textes réglementaires. L'IER recommande aussi le renforcement de l'indépendance de la justice et qui passerait par la révision du statut du Conseil supérieur de la magistrature (CSM) de manière à en confier la présidence par délégation au premier président de la Cour suprême et que sa composition soit revue pour intégrer d'autres secteurs autres que la justice. Les recommandations de l'IER insistent par ailleurs sur l'obligation, pour l'Etat marocain, d'élucider les cas de disparition forcée qui ne l'ont pas encore été, mais aussi l'exécution des décisions relatives aussi bien à l'indemnisation des victimes qu'aux autres décisions portant sur la réhabilitation médicale ou psychique. L'IER, qui recommande la sauvegarde des archives publiques (dont les siennes, désormais), insiste sur la reconversion des anciens centres ou locaux dont les noms ont été associés aux graves violations des droits de l'Homme : Tazmamart, Agdez, Derb Moulay Chérif... Le sort du premier est déjà scellé puisque l'armée en a évacué les lieux et que la commune en a pris officiellement possession pour en faire un centre au profit des jeunes de la région. Même chose pour Derb Moulay Chérif dont les derniers occupants sont en train d'être relogés ailleurs. D'autres projets, à vocation socio-économique, verront le jour dans plusieurs autres localités pénalisées pour avoir été à proximité de centres de détention ou longtemps marginalisées pour avoir été le théâtre de graves événements comme Moulay Bouaâzza (Khénifra) ou le Rif. Ce sont d'ailleurs ces mêmes conclusions qui ont été présentées lors du Forum national sur la réparation et qui entrent dans le cadre d'une réhabilitation-réparation communautaire qui viendrait compléter les mesures de réparation individuelles. Lors de plusieurs tristes événements, les femmes ont payé un tribut autrement plus lourd et connu par conséquent un sort plus difficile que celui réservé à un fils, un frère ou un père pris dans le tourbillon de la répression.
