لم يتأخر رد رئيس جمهورية مصر العربية، محمد مرسي، فبعد دقائق من إعلان القوات المسلحة المصرية، مساء اليوم الإربعاء (3 يوليوز)، عزله وتعطيل الدستور، خرجت الرئاسة المصرية ببيان أعلنت فيه أن كلام عبد الفتاح السيسي، «انقلاب عسكري». وأكد بيان الرئاسة المصرية، أن قرار المجلس العسكري مرفوض جملة و تفصيلا من كل أحرار الوطن الذي ناضلوا لكي تتحول مصر إلى مجتمع مدني ديموقراطي. وأكد بيان الرئاسة المصرية الذي صدر قبل قليل، أن محمد مرسي هو الرئيس الفعلي للجمهورية والقائد الأعلى للقوات المسلحة، والرئيس على جميع المواطنين مدنيين وعسكريين. ودعا مرسي، الشعب المصري قادة وجنودا إلى عدم الإستجابة لما وصفه ب"الإنقلاب" على الشرعية حرصا على أمن مصر، واعتبر بيان السيسي يعيد مصر إلى الوراء، وطالب الشعب بالإلتزام بالدستور والقانون والحفاظ على سلمية الأداء و تجنب التورط في دماء الوطن.