يجب عدم وضع الطعام داخل أوعية بلاستيكية عند الاستخدام، وذلك لأن تلك الأوعية تحتوي على مواد كيميائية سامة، وعند التسخين تتفاعل تلك المواد في أفران المايكروويف مع مكونات الطعام وخاصة مواد الطعام التي تحتوي على دهون مما ينتج مواد تسبب أمراضا سرطانية في الجسم وخصوصا سرطان الثدي، ولا ينطبق هذا فقط على الأفران، بل يفضل عدم استخدام أي مواد بلاستيكية في حفظ الطعام حتى وإن كان الاحتفاظ به في الثلاجة، لأن التفاعل أيضا موجود مع طول فترة التخزين والحفظ، فمعظمنا وللأسف يقوم باستخدام القناني البلاستيكية في حفظ الماء وسوائل أخرى وهذا خطأ كبير له الآثار السلبية نفسها، والتي يفضل استخدام القناني الزجاجية أو الفخارية عوضا عنها، وهذا ما يحصل أيضا من خلال الأطعمة الفورية مثل الشوربة السريعة التحضير والتي يفضل وضعها في أوان زجاجية، أو القيام باستخدام المواد المخصصة لاستخدامها في تلك الأفران، حيث يتم وضع إشارة مخصصة والتي تدل على إمكانية استخدامها في أفران المايكروويف مع وجود ختم الضمان البيئي ولصحة الإنسان. عدم استخدام الصناديق الورقية، حيث يكون معظمها من المواد المعاد تصنيعها أو معاد تدويرها، ومعظمنا لا يعرف مم تحتوي تلك المواد الورقية التي تؤدي في نهايةالأمر إلى تحللها إذا كانت ملامسة وبشكل مباشر للطعام المرغوب في تسخينه بأفران المايكروويف. عدم الوقوف أمام أفران المايكروويف بشكل مباشر، بل يفضل الابتعاد عنها بمسافة لا تقل عن 50 سنتمترا وكلما زادت المسافة بعدا عنه يصبح الوضع آمنا. عدم قضاء فترات طويلة بجانب أفران المايكروويف في حالة التشغيل المستمر لها. المحافظة على تنظيف أفران المايكروويف بشكل مستمر والتأكد من النظافة بعد كل استخدام. التأكد من عملية إغلاق الباب المخصص للفرن لعدم السماح لأي أشعة بالتسرب، ولكن في الأجهزة الحديثة لا يمكنك استخدام الأجهزة ولا يمكن تشغيلها إلا بعد أن يتم القفل (خاصية الأمان). في حالة وجود عطل ما فى الباب المخصص له (عدم إقفال نهائي ولو بشكل بسيط بسبب ارتخاء المفاصل أو غيرها) يجب عدم التشغيل نهائيا والتوجه للشركة وعمل الصيانة له مباشرة. عمل صيانة دورية لأفران المايكروويف المستخدمة بشكل دوري لا تتعدى السنتين من بداية الاستخدام.