وضع تصنيف "ويبو ماتريكس " الإسباني الجامعة المغربية في مراتب جد متأخرة ، ووزع التصنيف الجديد الجامعات إلى ثلاثة مستويات ، حيث احتلت جامعة الأخوين (الصورة) الدرجة الأولى على الرغم من أنها مرتبة في الصف التاسع عشر إفريقيا ، والخامس والعشرين عربيا . "" أما في الدرجة الثانية ، فتوجد جامعة القاضي عياض بمراكش ، والتي تحتل الصف الحادي والعشرين إفريقيا والثامن والعشرين عربيا ، في الوقت الذي صنفت فيه المدرسة المحمدية للمهندسين في الدرجة الثالثة وهي التي تحتل الصف السادس والعشرين إفريقيا ، والسادس والثلاثين عربيا . أما عالميا ، فإن جامعة الأخوين التي تعتبر أول جامعة خاصة بالمغرب ، والتي أحدثت بشراكة بين المغرب والولايات المتحدةالأمريكية والعربية السعودية ، والتي تستعمل اللغة الإنجليزية في التدريس ، فإنها تصنف في المرتبة 3956 ، في الوقت الذي تحتل فيه المدرسة المحمدية للمهندين المرتبة 4618. ويفسر المتتبعون حسب أسبوعية " الأيام " هذه الوضعية بكون الجامعة المغربية لا تستفيد من ميزانية البحث العلمي إلا بنسبة 0.2 في المائة التي تخصصها الدولة لهذا البحث العلمي . كما أن 93 في المائة من هذه الميزانية تذهب للأبحاث في العلوم التطبيقية ، في حين لا تنال أبحاث العلوم الإنسانية غير نسبة 7 في المائة ، زد على ذلك أن أكثر من خمسين في المائة من الأساتذة الجامعيين لم يسبق لهم أن نشروا أي بحث أكاديمي . وتظل الاستقلالية التي يفترض أن تستفيد منا الجامعة المغربية واحدة من الأسباب التي تجعل الجامعة المغربية تحتل صفوفا متأخرة.