IER, terrorisme et Sahara font l'essentiel de la partie réservée au Maroc dans le dernier rapport d'Amnesty International. L'ONG épingle également le Polisario pour l'impunité dont jouissent les tortionnaires des camps de Tindouf. Près de la moitié de la partie réservée au Maroc dans le dernier rapport d'Amnesty International a été réservée à la mission et au rapport final de l'IER (Instance Equité et Réconciliation). Dans ce rapport (Rapport 2006 : la situation des droits humains dans le monde), rendu public mardi 23 mai 2006 à Londres, le Maroc est cité comme le pays ayant été à l'origine d'une première expérience en Afrique du Nord et au Moyen-Orient. Le rapport revient sur le rapport final de l'IER pour rappeler les différentes recommandations concernant la réhabilitation individuelle et collective (9.000 personnes indemnisées), mais aussi des réformes législatives et constitutionnelles. A.I relève toutefois l'absence, lors du travail de l'IER comme dans son rapport final, d'obligation pour les auteurs présumés de violations des droits de l'Homme de rendre compte de leurs actes. L'ONG dirigée par Irene Khan rappelle aussi dans ce sens avoir rencontré les responsables de l'Instance menée par Benzekri et avoir fourni des archives en sa possession concernant plusieurs centaines de cas de disparitions forcées et d'abus. Amnesty se fait l'écho également de la déception de plusieurs familles attendant toujours que soit élucidé le sort des leurs, faisant partie notamment des 66 cas qui restent à élucider comme l'a affirmé d'ailleurs l'IER. L'autre élément saillant de ce rapport est relatif à la lutte contre le terrorisme et le Maroc qui se voit épinglé pour son "rôle dans la lutte contre le terrorisme" menée par les Etats-Unis. Le rapport fait allusion aux présumés terroristes débarqués au Maroc pour interrogatoire. Chose qui avait été démentie par les autorités de Rabat après les allégations d'un certain Binyam Habashi. En relation avec ce dossier, l'ONG internationale note que les prisons marocaines abritent près de 1.500 personnes poursuivies pour terrorisme sur un total de 3.000 arrêtées depuis le 16 mai 2003. A.I conteste le fait que ces personnes aient été poursuivies, et souvent jugées, sur la base d'une définition "large et imprécise" du terrorisme. Le Sahara s'invite également à ce rapport où Amnesty évoque un "usage excessif de la force" contre les manifestations dans plusieurs villes du Sud et notamment à Laâyoune. Le rapport revient, avec force détails, sur le cas Lembarki, mort en octobre 2005. Il évoque aussi les dizaines de personnes arrêtées et condamnées par la justice. Dans le chapitre "liberté d'expression", A.I a plutôt choisi de retenir un autre "cas", celui de Ali Lmrabet interdit, sur décision judiciaire, d'exercice de la profession. Le Maroc a été salué pour les efforts législatifs entrepris récemment en matière de lutte contre la torture et pour la transmission, par les femmes, de la nationalité à leurs enfants. Le rapport d'Amnesty International s'intéresse aussi au dossier de l'immigration avec un retour sur les graves incidents survenus, l'automne 2005, près de Sebta et Melilla et notamment la mort de 13 ressortissants subsahariens et le refoulement de plusieurs centaines d'autres. Dans les camps de Tindouf, l'ONG retient la libération des 404 prisonniers militaires marocains. Elle s'en prend au Polisario pour l'impunité dont jouissent toujours des personnes impliquées dans des violations des droits de l'Homme dans ces camps sur le sol algérien.