وقد لعب جيش عبيد البخاري، الذي كونه المولى إسماعيل كأقوى جيش في المملكة قبل أن يتحول إلى دولة داخل الدولة، أدوارا كبيرة في تولية وعزل السلاطين العلويين بسبب نفوذه الواسع وسيطرته على مفاتيح الاقتصاد والسياسة. وكان يتصرف أحيانا بحسب ميزان القوى وبطريقة تكاد تقترب من المزاجية، كما حصل مع السلطان عبد الله بن اسماعيل الذي أبعده عبيد البخاري عن الحكم ثلاث مرات، لكي يموت في الأخير معزولا ووحيدا. ففي المرة الأولى، تمت توليته من عام 1729 إلى 1734 لكي يتم عزله وتولية علي زين العابدين بن إسماعيل المعروف بالأعرج، الذي بقي إلى عام 1936، أي عامين فقط، وتم عزله هو الآخر وتولية عبد الله بن إسماعيل مرة ثانية لبضعة أشهر فقط، ثم عزل مرة أخرى وتمت تولية شقيقه محمد الثاني بن إسماعيل الذي بقي في الحكم إلى عام 1738، حيث عزل عن الحكم وولي مكانه المستضيء لمدة عامين، وعزل هو الآخر في تلك السنة وتمت تولية عبد الله بن اسماعيل، للمرة الثالثة، ثم خلع عن السلطة وولي للمرة الرابعة حتى وفاته عام 1757. بعد وفاة السلطان مولاي اسماعيل برز الصراع على السلطة بين أولاده الكثيرين، الذين كان عدد كبير منهم مؤهلا لتولي الحكم. وقد دامت الحروب الداخلية مدة تفوق ثلاثين عاما بين أبناء السلطان، بسبب تلاعب جيش عبيد البخاري بهم وضرب بعضهم ببعض. ومن بين أبناء المولى إسماعيل الذين حكموا هناك أحمد الملقب بالذهبي، وعبد الملك، وعلي الأعرج، ومحمد ولد عربية، والمستضيء، وزين العابدين، أما الذين لم يتولوا الحكم لكنهم لعبوا أدوارا سياسية فبينهم الناصر والمستنصر والمهتدي والعباس وغيرهم.