اتهم داعية إخواني هارب للخارج، العالم الراحل أحمد زويل، ب«الكفر»، وقال: «أنا لا أقول إن زويل مشرك، لا بل هو كافر، ولا يجوز الترحم عليه». وبالمقابل، نددت دار الافتاء المصرية بالفتوى، وقالت إن «تكفير الدكتور زويل واغتياله معنويًّا وتشويه صورته يتساوى في الجرم مع تكفير مفتي مصر السابق الدكتور علي جمعة ومن ثم محاولة اغتياله». وصف الداعية الإخواني الهارب إلى تركيا، وجدي غنيم، العالم المصري الراحل أحمد زويل، بأنه «كافر»، وطرح مذيع إحدى الفضائيات سؤالاً: هل يجوز لعن «الخائن» أحمد زويل؟ أم هل يجوز الترحم عليه؟ «بحسب قوله». رد غنيم بالقول: «أنا لا أقول إن زويل مشرك، لا بل هو كافر، ولا يجوز الترحم عليه». وأضاف: الشيخ ناصر الفهد قال في كتابه "التبيان في كفر من أعان الأمريكان"، إن هناك اجماع على أن ما ظاهر المشركين وأعانهم على المسلمين فهو كافر مرتد عن الإسلام". وتابع: "وإثبات الاجماع من وجهين، الأول اجماع العلماء من مختلف المذاهب الحنفية والحنابلة والظاهرية". وقال أيضاً إن القرآن يكفر زويل، وتلا قول الله تعالي: (يا أيها الذين آمنوا لا تتخذوا اليهود والنصارى أولياء بعضهم أولياء بعض ومن يتولهم منكم فإنه منهم إن الله لا يهدي القوم الظالمين). الآية 132 من سورة المائدة. واستطرد قائلاً: "أنا لا أقول إن زويل مشرك، وإنما أقول إنه كافر لأنه والى اليهود على المسلمين، ولا يجوز الترحم عليه، ويجوز لعنه". غضب في اوساط المصريين وأثارت الفتوى التي أصدرها غنيم المعروف بسب ولعن وتكفير الناس والتشفي في الموتى من المختلفين مع جماعة الإخوان المسلمون، الغضب في أوساط المصريين، لاسيما أن أحمد زويل الحاصل على جائزة نوبل في الكيمياء يحظى بشعبية واسعة. وقال الشيخ على أبو الحسن، رئيس لجنة الفتوى بالأزهر سابقاً، ل"إيلاف" إن إصدار فتاوى التكفير مكروه في الإسلام، مشيراً إلى أن الرسول نهى عن تكفير الآخر أو إطلاق لفظ التكفير بدون ضابط، وقال في حديث نبوي: (من قال لأخيه يا كافر فقد باء بها أحدهما). وأوضح أن الكفر لا يطلق إلا على من أنكر وجود الله سبحانه وتعالي وكفر بالإسلام إنكاراً بائناً، وقال الرسول صلى الله عليه وسلم أيضاً: (سباب المسلم فسوق، وقتاله كفر)، وقال أيضاً في حديث آخر: (لا ترجعوا بعدي كفاراً يضرب بعضكم رقاب بعض)، لافتاً إلى أن تكفير الناس يؤدى إلى المهالك وينشر الفوضى في المجتمعات، ولذلك حذر الرسول منه. وتصدت دار الإفتاء المصرية لفتوى غنيم، وندد مرصد الفتاوى التكفيرية والآراء المتشددة التابع للدار، بحملات التكفير والتشويه التي تقوم بها بعض التيارات والجماعات ضد رموز الوطن وعلمائه الكبار، وذلك تعقيبًا على تكفير العالم المصري الكبير والفقيد العزيز الدكتور أحمد زويل، الحاصل على جائزة نوبل، من قبل وجدي غنيم، أحد القيادات القريبة من جماعة الإخوان. وأكد المرصد أن "التكفير دائمًا وأبدًا هو سلاح المتطرفين للنيل من خصومهم وتشويه صورتهم وتبرير الاعتداء عليهم واغتيالهم ماديًّا ومعنويًّا، ويُعد التكفير السبب الرئيسي والمباشر لمعظم عمليات الاغتيال والتصفية التي تتم بحق رموز وقيادات المجتمع". واعتبر المرصد أن "تكفير الدكتور زويل"، بمثابة "اغتياله معنويًّا وتشويه صورته يتساوى في الجرم مع تكفير مفتي مصر السابق الدكتور علي جمعة ومن ثم محاولة اغتياله ومنعه من ممارسة رسالته في التنوير والتحديث، وإيصال العلم الشرعي الوسطي المنضبط إلى المسلمين في الداخل والخارج". وأضاف المرصد أن "العالم اليوم أصبح أكثر وعيًا بمخاطر التكفير والتفسيق واستخدام الدين في الصراعات والنيل من الخصوم؛ نظرًا لما جره التكفير واستخدام الدين في الصراعات من خراب ووبال على الأمتين العربية والإسلامية، ولما لحق بالكثير من الدول والمجتمعات العربية التي قارب الكثير منها على الانهيار أمام طوفان العنف المدجج بالفتاوى الدينية، مما يعني أن استمرار استخدام سلاح الفتاوى الدينية التكفيرية هو محاولة مستمرة من قبل البعض لتعريض أمن الوطن واستقراره إلى الخطر، ودفعه إلى مهالك السوء التي تنتشر في المنطقة من حولنا. ودعا المرصد إلى محاربة تلك التيارات التكفيرية والمتطرفة التي تسعى لنشر نار الصراعات الدينية المسلحة في المنطقة بأسرها، ومنعها من توظيف الفتاوى الدينية في النيل من خصومها، وتوضيح خطورة التكفير وما يستتبعه من استباحة للدماء والأعراض والأموال.