علقت جماعة الإخوان المسلمين في سوريا على ما أعلنته دولة الإسلام في الشام والعراق "داعش" الخلافة الإسلامية وتنصيب البغدادي خليفة ومطالبة المسلمين في الشام والعراق والعالم، أن يبايعوا البغدادي، ويلتزموا السمع والطاعة. وأعلنت هيئة التأصيل الشرعي لجماعة الإخوان المسلمين في سوريا أن هذه الخلافة باطلة، ولا اعتبار لها شرعاً، وأنها لا يترتب عليها أي أثر مما يترتب على الخلافة الصحيحة، فلا طاعة و لا بيعة لهم. وأوضح إخوان سوريا أسباب رفضهم لهذه الأفعال الصادرة من "داعش" وأمير تنظيمها في بان رسمي للجماعة نشرته عبر موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك"،وجاءت الأسباب بحسب البيان كالتالي: 1- أنهم بغاة معتدون ولغوا في دماء الأبرياء بعد استسهال تكفير المسلمين والثوار المدنيين وكذلك أبطال الجيش الحر الميامين واستباحة دمائهم وأموالهم ، ثم زادوا الطين بلة بإعلانهم لهذه الخلافة المدعاة مطالبين كافة المسلمين وكافة الفصائل المجاهدة بمبايعة الخليفة المزعوم ، وكأن أمر الخلافة ملعبة لمن هب ودب بادعائها . 2- أن الخلافة عقد بين الأمة والخليفة، ولا تكون بالإكراه والتخويف والتهديد، ونشر الذعر بين الناس، و الأمة تمثل بأهل الحل والعقد أهل الشورى ، من العلماء العاملين، والدعاة المخلصين، والسياسيين والقادة الثوريين والوجهاء المعتبرين، وواقع الحال أنه لا الأمة و لا أهل الحل والعقد فيها قد استشيروا في شأن الخلافة ولا في شأن الخليفة . 3- أن الخلافة منصب سياسي ديني مرده الى الحكم بشرع الله تعالى لا بشريعة الغاب وإراقة الدماء وإهدار الأموال فضلاً عن تكفير المسلمين، وإحداث الفتن. 4- أن أوجب واجبات الخلافة هو نصرة المستضعفين من المسلمين ورد الظلم عنهم، وهؤلاء نصروا الظالم على المظلوم ، وزادوا الطين بلة، واستنزفوا ثورة أهل الشام و العراق على جلاديهم، وفعلوا من الفظائع ما يشيب لهوله الولدان، فبوجودهم، لم يكن هناك أمن ولا أمان، بل العكس هو الحاصل. 5- أن الخلافة إنما تكون لخير الناس وتعمل على تحقيق مصالهحم،وفي المجالات كافة، وهذا يقتضي معرفة حال الخليفة ودينه وتقواه، فكيف تعطى لمن لا يُعرف ولا يُعرف حاله بل لا يُرى و لا يظهر على الناس، خليفة مقنع، وأتباع ملثمون، فأي خلافة هذه ؟؟!! 6- إن ولاية المتغلب، والملك الجبري، مرفوضة من الناحية الشرعية، وقامت ثورة شعبنا انتفاضة على الاستبداد والظلم والقهر والويل، فلا نستبدل مستبداً بمستبد، والخلافة التي تكون على منهاج النبوة، خلافة راشدة شورية، تحترم الحقوق وترعى المصالح، وتكون رحمة للناس، عدلاً ونوراً وعلماً وحضارة، وحرية وكرامة،وأمناً وسلاماً على المواطنين، وحقيقة هذه الدولة المزعومة أو الخلافة المزعومة إنما هي ولاية غلبة وقهر ورجالاتها يقرون بذلك، فشتان بين الحقيقتين. وبناء على كل ما سبق فلا يجوز إقرار هذه الخلافة المزعومة ولا إعطاء البيعة لها ولا تجوز طاعة قادتها وخصوصاً فيما يأمرون به من قتل المجاهدين و الثوار الذين لم يدينوا بالولاء لهم بل يجب الوقوف في وجه مؤامراتهم بل إنهم باتوا والنظام شيئاً واحداً وعدواً واحداًيتهدد الثورة والجهاد في أرض الشام.