صنفت الكونفدرالية الإفريقية لكرة القدم المنتخب المغربي في المستوى الثالث خلال عملية القرعة لنهائيات الدورة التاسعة والعشرين لكأس إفريقيا للأمم 2013٬ التي سيتم سحبها يوم 24 أكتوبر المقبل٬ بمدينة دوربان (جنوب إفريقيا). ويتواجد المنتخب المغربي في المستوى الثالث إلى جانب منتخبات الجزائر والنيجر وبوركينافاسو. وضم المستوى الأول منتخبات جنوب إفريقيا (البلد المنظم) وزامبيا (حامل اللقب) والكوت ديفوار (الوصيف) وغانا٬ فيما يتشكل المستوى الثاني من منتخبات مالي وتونس وأنغولا ونيجيريا. وتأتي منتخبات الطوغو وجمهورية الكونغو الديمقراطية وإثيوبيا وجزر الرأس الأخضر في المستوى الرابع والأخير. وتم تحديد المستويات الأربعة من طرف الهيئة الكروية القارية استنادا لنتائج المنتخبات 16 المتأهلة خلال الدورات الثلاث الماضية. وتجرى الأدوار النهائية لكأس إفريقيا للأمم بجنوب إفريقيا في الفترة ما بين 19 يناير و10 فبراير 2013 في مدن جوهانسبورغ ودوربان ونيسبلرويت وبورت غيليزابيث وروستنبرغ. وتقام مباراة الافتتاح يوم 19 يناير بملعب "سوكر سيتي" بجوهانسبورغ٬ على أن تلعب المباراة النهائية يوم 10 فبراير بنفس الملعب.